بعد حصوله على شهادة الدروس الإعدادية من ثانوية مولاي إدريس بفاس، لم يتردد الشاب محمد الخلطي في الالتحاق بالإدارة العامة للأمن الوطني في شتنبر 1957. بعد اشتغاله بالدارالبيضاء، قرر العودة إلى فاس قبل أن يستقر بالرباط بعد تعيينه سنة 1975 رئيسا لفرقة محاربة التطرف السياسي والديني. درس الخلطي منذ سن الخامسة في الكتاب، وتربى في أحضان الزاوية التيجانية حيث كان والده مقدما، درس سنتين في القرويين قبل أن يعينه محمد الخامس قائدا بالقصر الملكي بفاس خلفا لجده. بفضل تكوينه الديني، تفرغ الخلطي لملفات التنظيمات الإسلامية منذ السبعينات بمختلف توجهاتها، خاصة بعد ظهور الشبيبة الإسلامية وما تفرع عنها من مجموعات. وبعد حادثة اغتيال عمر بنجلون سنة 1975 قرر المسؤولون عن جهاز الأمن الوطني تأسيس فرق مختصة في مكافحة التطرف الماركسي اللينيني والإسلامي، وتأسست نواة الفرقة بالرباط وترأسها الخلطي بعد إنهائه تدريبات خاصة بفرنسا تلقاها من أجل مباشرة مهامه الجديدة. ومباشرة بعد تعيينه، انكب الخلطي على مطالعة كتب تفسير القرآن والمؤلفات الفقهية. «كنا نجهل آنذاك كل شيء عن حركة الشبيبة الإسلامية، سواء تعلق الأمر بطريقة عملها أو بمناضليها. وكان المسؤولون الأمنيون يعتبرون أن كل صاحب لحية متطرف» يعترف الخلطي، الذي أضاف أن رجال الاستعلامات لم يتوفروا في تلك الفترة على أي أرشيف، ولم يخضعوا لأي تكوين ديني متخصص. أولى الاعتقالات التي أشرف عليها كانت سنة 1977 إثر التعليمات التي تلقاها، والتي مفادها أن كل متطرف يجب أن يكون تحت المراقبة، لاسيما الذي خرج من السجن، ولم تلغ هذه المسألة إلا قبيل وفاة الحسن الثاني، وألزمت الأجهزة الأمنية النشطاء الماركسيين اللينينيين أن يشعروا الاستعلامات بسفرهم أثناء تنقلهم من مدينة إلى أخرى. حظي الخلطي بثقة بعض النشطاء الإسلاميين بفضل سياسة الحوار التي اعتمدها وفق ما يذكره، وهو ما أكده في مقابلة صحفية سابقة عندما اعترف بأنه «يفضل الاشتغال مثل الصحفي ويتأكد من الخبر بالرجوع إلى مصدره». أكد الخلطي أن بنكيران زعيم جمعية «الجماعة الإسلامية» وقيايديي حركة العدل والإحسان كانوا يعطونه معلومات عن أمورهم التنظيمية الداخلية ويشرحون له مواقفهم واتصالاتهم الخارجية بشكل مستمر، وهو يتعاون مع باقي الأجهزة الأمنية ومدها بملفات وتحركات الإسلاميين وأنشطتهم. وبعد حصوله على التقاعد سنة 1997، ثلاث سنوات قبل تاريخه المقرر بأجرة لا تتجاوز سقف 4500 درهم، اختار الخلطي بمحض إرادته تقديم اعتذار مكتوب لضحاياه نشره في أسبوعية «لوجورنال».
