حسمت الهيأة العلمية المكلفة بالإفتاء التابعة للمجلس العلمي الأعلى في عدد من القضايا التي أثارت وما تزال تثير سجالات ونقاشات حقوقية تبنتها منظمات نسائية ترفع شعار الدفاع عن حقوق المرأة بالمغرب، ومن ذلك قضية المساواة في الإرث بين الرجال والنساء، ومطالب جعل الطلاق بيد المرأة مثل الرجل، فضلا عن مسألة تعدد الزوجات. وأفتت المؤسسة العلمية، وفق الكتاب الجديد الذي صدر عن المجلس العلمي الأعلى واطلعت عليه هسبريس ويضم فتاوى الهيئة المكلفة بالإفتاء بين 2004 إلى 2012، بشكل حاسم بأنه لا مجال للرأي في طلب التسوية بين الرجل والمرأة في الإرث، إذ لا اجتهاد مع وجود النص كما هو مقرر في القاعدة الأصولية الفقهية عند علماء الشريعة". وأفادت الهيئة المتخصصة في الإفتاء، جوابا عن سؤال ورد في أبريل 2012 على وزارة الأوقاف من لدن المندوبية الوزارية المكلفة بحقوق الإنسان يهم الفصل الثالث من التقرير السادس لإعمال المعهد الدولي الخاص بالحقوق المدنية والسياسية، بأن قضية توريث الذكر أكثر من الأنثى في بعض الحالات وردت فيها آية المواريث وغيرها من الآيات.. وبخصوص مسألة الطلاق ومطلب جعله بيد المرأة مثل الرجل، قرر علماء هيئة الإفتاء بأن "النصوص الشرعية الصريحة جعلت الطلاق بيد الزوج، حيث أجمع الأئمة على التمسك بها سلفا وخلفا، إلا في حالات خاصة، منصوص عليها في المؤلفات الفقهية ومدونة الأسرة المغربية". وأوضح المصدر ذاته بأن أمر الطلاق، وشأن إيقاعه، جعله شرع الإسلام بيد الزوج، بحكم ما أوجب عليه وأناط به من مسؤولية القوامة على الزوجة والأسرة، ودلت عليه آيات قرآنية وأحاديث نبوية، ولم يجعله بيد الزوجة" وفق ما جاء في فتوى المجلس العلمي الأعلى. واستند العلماء على العديد من الآيات القرآنية، من ضمنها قوله تعالى في سورة البقرة مخاطبا الازواج وأولياء النساء "وإذا طلقتم النساء فبلغن أجلهن فلا تعضلوهن أن ينكحن ازواجهن إذا تراضوا بينهم بالمعروف". وبخصوص مسألة تعدد الزوجات، أفتى علماء المجلس العلمي الأعلى بأنه "أمر من الثوابت الدينية الشرعية أجمع عليه أئمة الأمة وعلماؤها سلفا وخلفا، حيث وردت به نصوص شرعية قطعية الدلالة في مشروعيته وجوازه، ولا تحتمل أي اجتهاد أو تأويل على خلاف ما دلت عليه". وبعد أن أوضحت الهيئة بان تعدد الزوجات قيدته الشريعة بقيد دقيق تتحقق به المساواة المطلوبة شرعا بين الزوجتين وهو العدل والإنصاف وعدم التقصير في الحقوق بالنسبة لإحداهما على الأخرى، أبرزت بأن حكمة مشروعية تعدد الزوجات تكمن في كونه حل اجتماعي وإنساني لصالح المرأة والرجل على السواء في بعض الحالات التي يثبت فيها عقم الزوجة ويرغب الزوج في إنجاب الأطفال، أو تصاب الزوجة الأولى بمرض يتعذر معه الاستجابة للمباشرة الشرعية المعتادة بين الزوجين بدل حصول الافتراق بين الزوجين بالطلاق".
