أفادت مصادر مطلعة، أن وزارة الإقتصاد والمالية رفضت أداء الرواتب الشهرية للقيادية في حزب العدالة والتنمية سمية بنخلدون التي عينها الحبيب الشوباني مستشارة بديوانه بوزارة العلاقات مع البرلمان والمجتمع المدني، كما رفضت الوزارة كذلك التأشير على ملفات مجموعة من أعضاء حزب رئيس الحكومة المعينين بديوان الوزير الشوباني. وأوضحت المصادر ذاتها، أن وزارة المالية بررت قرارها بكون سمية بنخلدون عضو الأمانة العامة لحزب العدالة والتنمية، سبق لها أن استفادت من المغادرة الطوعية، وهو نفس القرار الذي ينطبق على أعضاء آخرين يعملون بديوان الشوباني، ورغم قرار وزارة الاقتصاد والمالية فإن أعضاء ديوان الشوباني لازالوا يزاولون مهامهم بشكل عادي ويستفيدون من إمكانيات الوزارة. وانتقد العديد من موظفو الوزارة طريقة التدبير المالي والإداري للوزارة منذ تعيين الشوباني على رأسها، بحيث تعرف العديد من الاختلالات وسوء التدبير، ومن بين هذه الانتقادات استمرار مسؤولين بالقسم الإداري والمالي في مواقعهم منذ أزيد من 20 سنة. وبالنسبة للتسيير الإداري والمالي اليومي للوزارة، فقد كلف الشوباني رئيس الديوان بهذه المهمة، وهو ما يتعارض مع الظهير الشريف رقم 1.74.331 الخاص باختصاصات أعضاء الدواوين، بحيث ينص في فصله الثامن على أن أعضاء الديوان لا يجوز تكليفهم بالتسيير الإداري أو التقني أو إصدار تعليمات وأوامر للموظفين، وذكر مصدر من الوزارة، أن رئيس ديوان الشوباني هو الذي يشرف كليا على جميع الأمور المتعلقة بالتسيير المالي والصفقات والمعدات.