تجمع ماكنات القهوة الكثير من الجراثيم والبكتيريا، خاصة في خراطيم المياه وفي فوهات خروج القهوة من الماكنة وفي خزان المياه، وهو ما تمكن طالب دراسات عليا ألماني من جامعة راين فال من إثباته. وعثر الألماني يان شاغيس، أثناء إعداد بحث التخرج الخاص به للحصول على شهادة الماجستير في علوم الأغذية، على أغشية تحتوي على مستعمرات من البكتيريا في ماكنات القهوة - وهي مستعمرات لا تتواجد إلا في مغاسل المياه فقط، كما نقل موقع "فوكوس" الألماني عن كاتب البحث. ورغم عدم وجود إثباتات لغاية الآن على تسبب القهوة غير النظيفة بأمراض عند البشر، إلا أن خبراء الصحة يحذرون من تجاهل البكتيريا في آلات صنع القهوة. لذلك، يقدم موقع "تشيب" الألماني بعض النصائح لتنظيف ماكنة القهوة، وهي: - تجديد الماء كل يوم في خزان المياه في الماكنة قبل الاستعمال. - غسل خزان القهوة بعد كل استعمال. - إعداد القهوة ساخنة. لأنه إذا تم اختيار 68 درجة مئوية مثلاً لتحضير القهوة بدلاً من 60 أو 63 مئوية المتعارف عليها، يمكن حينئذ القضاء على الكم الأكبر من البكتيريا.
