Quatre ans se sont écoulés depuis la razzia de "Little Marion" aux sélections olympiques d'athlétisme à Sacramento. Deux saisons après ses cinq médailles aux JO de Sydney (2000) et le divorce avec C.J Hunter le lanceur de poids banni, Jones a opté pour la maternité en compagnie de son nouveau compagnon, Tim Montgomery, liaison révélée lors du baiser parisien adressé après le record du monde du 100 m du nouvel homme de sa vie. Mais la belle histoire a viré peu à peu au cauchemar. La séparation avec l'entraîneur Trevor Graham en décembre 2002 suivie d'un passage sous la houlette de Trevor Francis, le dopeur du Canadien Ben Johnson, a commencé à ternir son image. La naissance de Tim Jr en avril 2003 ne fut qu'une parenthèse heureuse puisqu'à l'automne, elle et son compagnon se retrouvaient face à un grand jury fédéral californien dans le cadre du scandale du laboratoire BALCO. Cela n'a fait qu'empirer. Au fil des semaines, des rumeurs et des liens plus ou moins avérés avec le laboratoire suspect et son patron Victor Conte, Jones fut placée de plus en plus sur la défensive, cible des médias et de l'agence antidopage américaine (USADA). D'autant plus que Montgomery s'avérait être encore plus mouillé dans le scandale du dopage. Bien que n'étant pas officiellement accusée de dopage, Jones, la battante, partait en contre-attaque, faisant valoir l'absence de tout contrôle positif durant sa carrière. "Ceux qui me connaissent, qui m'ont vu concourir depuis l'âge de 7 ans et suivi ma progression, savent que je ne ferai rien d'illégal, que je ne prendrai jamais de produits interdits", assurait-elle dès le mois de mai, avant de menacer de poursuites juridiques tous ceux qui tenteraient de la priver des Jeux d'Athènes. Elle allait jusqu'à demander une audience au Sénat américain (appel refusé) avant de se soumettre à un détecteur de mensonges. Dans le même temps, la situation n'est guère plus encourageante sur la piste. Certes, Jones a réalisé deux doublés 100 m-longueur, mais face à une adversité faible. Dès que le niveau était plus relevé, elle s'est retrouvée reléguée au rang de faire-valoir, comme ce 100 m de Eugene remporté par sa compatriote Inger Miller et dont elle n'a terminé que 5e !
