احتلت جامعة محمد الأول بوجدة الرتبة الستين من بين الجامعات الإسلامية في آخر تصنيف لسنة 2020، والرتبة الثانية وطنيا بعد جامعة محمد الخامس بالرباط التي احتلت المرتبة 32 من بين 282 جامعة في العالم الإسلامي. وذلك حسب تصنيف مركز الاستشهاد الخاص بعلوم العالم الاسلامي والمعروف ب ISC.وبذلك تعزز جامعة محمد الأول بوجدة موقعها في الريادة وللإحاطة فإن مركز الاستشهاد العلمي للعالم الإسلامي أحد أهم مراكز الأبحاث. يتم فيه تحليل وتقييم الأبحاث، والذي يهدف لتشجيع التعاونين التقني والعملي بين العلماء المسلمين ومنظماتهم وحتى بين العالم الإسلامي والدول الأخرى. ما يميز هذا المركز عن باقي قواعد البيانات العلمية أنه يشمل اللغات المحلية والذي يعطي فرصة للكتّاب من دول غير انجليزية لتقديم إنجازاتهم البحثية عن طريق قناة عالمية. تم تأسيس هذا المركز من وزارة العلوم والبحث والتكنولوجيا الإيرانية بعد الموافقة عليها من منظمة مؤتمر التعاون الإسلامي. اليوم هذا المركز يشمل عشر دول وهم : ايران، باكستان، تركيا، ماليزيا، نيجيريا، مصر، أندونيسيا، بنغلادش، الإمارات، لبنان ، السنغال وهذا المركز يحتوي على 78 بالمئة من إجمالي المجلات في العالم الإسلامي.
