L'Université Cadi Ayyad est arrivé en tête des universités marocaines, du Maghreb et de l'Afrique francophone selon le classement mondiale Times Higher Education 2019. Elle est 15ème dans le monde arabe et 12ème en Afrique. Selon le même classement effectué par discipline, l'Université Cadi Ayyad se distingue en sciences physiques. Elle est première au Maroc, au Maghreb et en Afrique francophone selon le Times Higher Education 2019. Elle est 13ème dans le monde arabe et 14 ème en Afrique. Dans ces classements, les universités sont évaluées selon 13 critères de performance en rapport avec leurs missions fondamentales : l'enseignement, la recherche, le transfert de connaissances et les perspectives internationales. Ces distinctions sont le couronnement des efforts fournis par l'Université qui œuvre continuellement pour le développement de la recherche scientifique. 14 équipes de recherche opérant dans 30 laboratoires et qui excellent dans des thématiques telles que l'astrophysique, l'optique, l'électronique, l'automatique, l'énergie, la mobilité urbaine…. La production grandissante de ses chercheurs cités dans de prestigieuses revues internationales et leur contribution dans des découvertes importantes en est le témoin. A titre d'exemple la découverte d'un astéroïde binaire rare 2017-YE5 et d'un nouveau système des exoplanètes en 2017 observés respectivement par les Télescopes MOSS et TRAPPIST 1 de l'observatoire d' Oukaimedan et la contribution des chercheurs de l'UCA à travers ANTARES à la découverte de l'origine des neutrinos cosmiques observés par la collaboration IceCube. L'Université Cadi Ayyad se distingue aussi à travers le couronnement de ses chercheurs à titre d'exemple le Professeur Khalil EZZINBI, a reçu deux prix consécutifs, le Prix de l'Union des Mathématiciens Africans (UMA) en juillet 2017 et le prix AMMSI-Philip Griffiths prize 2018 en octobre 2018. Les deux prix sont discernés au meilleur chercheur africain qui a contribué davantage au développement des mathématiques à l'échelle de l'Afrique.
