المعهد يفتقد لتوجه إستراتيجي ويعلق عملية إنتاج الأمصال المضادة للعقارب والأفاعي لاحظ المجلس الأعلى للحسابات، أنه خلال الفترة الممتدة ما بين 2003 و2008، لم يكن معهد باستور يتوفر على وثيقة تحدد التوجه الاستراتيجي للمؤسسة والتي من شأنها تحديد أهداف و مخططات عمل أجهزة المعهد للقيام بمهامها على أحسن وجه. وهكذا، فإن الأنشطة الأساسية للمعهد، والمتمثلة في البحث العلمي، لا تدخل في إطار رؤية إستراتجية واضحة ومحددة. وظل البحث العلمي للمعهد مقتصرا على إعداد التقارير العلمية ونشرها. وأضاف المجلس الأعلى للحسابات في تقريره السنوي لسنة 2009، أن معهد باستور لم يقم بأية أبحاث في مجال الأمراض المعدية والطفيلية للنباتات على الرغم من أن هذه الأنشطة تدخل في إطار مهامه المنصوص عليها في المادة 2 من المرسوم رقم 176 66 )يونيو (1967 وكذلك الشأن بالنسبة للطب البيطري الذي يعتبر مهمة موكولة إلى هذا المعهد. علاوة على ذلك، لاحظ المجلس الأعلى أيضا، أن مهمة تحضير الأمصال واللقاحات والأنزيمات والمنتجات العضوية لم تحظ بالاهتمام اللازم من قبل إدارة المعهد. كما تم تعليق عملية إنتاج الأمصال المضادة للعقارب والأفاعي. وفي ظل غياب رؤية إستراتجية، ركز معهد باستور المغرب -حسب نفس التقرير- على جهوده على تطوير أنشطة أخرى لا تدخل في نطاق مهامه الأساسية. ويتعلق الأمر بالتحاليل الطبية الروتينية وتسويق الأمصال واللقاحات بالإضافة إلى الرقابة الغذائية والبيئية. كما تطلبت هذه الأنشطة موارد مالية وبشرية ولوجستيكية مهمة. وقد تم القيام بها على حساب الأنشطة الأساسية التي تعتبر صلب المهام الموكلة إلى معهد باستور )البحث العلمي في الأمراض المعدية وإنتاج الأمصال واللقاحات والأنزيمات). تجدر الإشارة إلى أن معهد باستور المغرب مؤسسة عمومية تتمتع بالشخصية المعنوية والاستقلال المالي، خاضعة للوصاية الإدارية للوزارة المكلفة بالصحة العمومي. وتتمثل مهامه في: مواصلة البحث في الأمراض المعدية والطفيلية للإنسان والحيوان والنبات، كما يمكن أن يكلف من قبل وزارة الصحة بمهام دائمة أو مؤقتة للقيام بدراسات استقصائية أو تحليلية مرتبطة بهذه الاختصاصات؛ المساهمة، عند الاقتضاء، في تدريس علم الأحياء المجهرية وعلم الطفيليات، وكذلك تأطير المتدربين المغاربة أو الأجانب؛ إعداد أو استيراد الأمصال والقاحات والمنتجات البيولوجية اللازمة لاحتياجات البلاد فيما يتعلق بالطب البشري. ويتوفر معهد باستور بالمغرب على 250 مستخدما من بينهم 201 مستخدما دائما و3 مستخدمين موضوعين رهن الإشارة و13 مستخدما مؤقتا. وعلى مستوى تدبير المخزون الاستراتيجي للقاحات والأمصال، أشار المجلس الأعلى في تقريره، أن معهد باستور يعتبر المؤسسة الوحيدة المخول لها من طرف وزارة الصحة تزويد السوق المحلية بالمنتجات التالية: ورغم هذا، لم تضع إدارة المعهد أية استراتيجية من أجل تدبير فعال للمخزونات وذلك لتفادي أي اضطراب في تزويد السوق المحلي بالمواد السالفة الذكر. وعلى مستوى المباني و الإطار البيئي، سجل التقرير أن بعض مختبرات قسم البيولوجيا الطبية توجد بعيدة عن غرفة أخذ العينات وهذا من شأنه أن يؤثر على العينات البيولوجية خلال نقلها من غرفة أخذ العينات إلى المختبرات المعنية. ويتعلق الأمر بمختبرات علم الأمصال. وعلى مستوى الإشعاع العلمي لمعهد باستور، العضو بالشبكة الدولية لمعاهد باستور والمتعاون مع منظمة الصحة العالمية كمختبر مرجعي في مجالات البحث حول السيدا والتهاب الكبد الفيروسي ومرض السل وغيرها، سجل تقرير المجلس الأعلى للحسابات، أن إشعاعه بدأ ينقص على اعتبار أنه لم يعد، منذ سنة 2002، مركزا متعاونا مع منظمة الصحة العالمية في مجال السيدا. كما تراجع إشعاعه على المستوى الوطني، كمختبر مرجعي في مجالات البحث لمكافحة أمراض داء السل والتهاب الكبد الفيروسي وأنفلونزا الطيور، حيث أكد التقرير، أن تدخل المعهد لمكافحة مرض السل يقتصر فقط على الدارالبيضاء الكبرى، في حين أن باقي التراب الوطني تعود فيه مهمة البحث في هذا الداء إلى المعهد الوطني للوقاية (INH)، هذا الأخير الذي تكفل أيضا، في الآونة الأخيرة، بمهمة البحث في داء أنفلونزا الخنازير. فلا يتم اللجوء إلى معهد باستور إلا في إطار استشاري على الرغم من توفره على مختبر للبحث في علم الفيروسات مصنف على مستوى الحماية من الدرجة الثالثة (PIII)، وعلى الرغم كذلك من أن هذا المختبر تم بناؤه من أجل أن يكون مختبرا مرجعيا للأبحاث على المستوى الوطني. تجدر الإشارة إلى أنه لم يتم إشراك معهد باستور في برنامج البحث العلمي الذي أعدته وزارة الصحة للفترة الممتدة من 2008 إلى 2012 مع العلم أن من مهامه الأساسية البحث العلمي في مجال الأمراض المعدية. ولم يتم تسجيل أي براءة اختراع أو ترخيص من قبل هيأة الباحثين بالمعهد على الرغم من تزايد عدد مشاريع البحث التي تمولها إدارة المعهد و الجهات المانحة. فعلى سبيل المقارنة، توج البحث العلمي بمعهد باستور بتونس بتسجيله لعدد من براءات الاختراع الدولية 15 (براءة اختراع سنة منذ(1996 . كما أن البعض من هذه البراءات تم استثمارها من قبل الشركات الصيدلانية الدولية، كما هو الحال بالنسبة لبراءة الاختراع في مجال الأبحاث الطبية الحيوية على الليشمانيوز.
