Le déséquilibre financier des polycliniques s'est nourri dès le départ de la confusion des divers comptes de la CNSS. Le compte du régime général a alimenté depuis 1984 l'ensemble de ce système. 1979, année d'ouverture de la première polyclinique au Maroc. Depuis lors, leur gestion fait partie des prérogatives à la Caisse Nationale de la Sécurité Sociale (CNSS). Le rapport de synthèse de l'audit des comptes au 31 décembre 1997 réalisé par PriceWaterhouse Cooper, a relevé des « situations anormales au niveau des comptes du régime général ». Et c'est à partir de cet enregistrement comptable, qu'une distinction s'impose. Les auditeurs ont souligné que depuis la prise en gestion de ces unités par la Caisse, il n'y a pas eu de séparation entre les comptes du régime général et ceux de l'activité médicale et aussi ceux du compte soins et santé France (SSF). Dans la pratique, cela s'est traduit par des écritures comptables biaisées. En effet, le matériel médical des polycliniques était acheté à travers le compte SSF et s'y est retrouvé, par la force des choses, inscrit. Le transfert s'est ensuite effectué au profit des comptes du régime général. Le rapport retrace également les voies empruntées par les autres immobilisations. Il s'agit notamment des constructions, des aménagements et du matériel bureautique et informatique. Ces immobilisations ont atterri dans le compte du régime général. Ce dernier a été amené « à supporter aussi les charges d'amortissements y afférentes », précise PriceWaterHouse. Les chiffres qui en résultent sont effarants. « Le cumul des amortissements pris en charge par le régime général s'élève au 31 décembre 1997 à 687 millions de DH », précise le rapport d'audit. Il transmet également dans le détail la répartition de ce montant. Ainsi, 274 millions de DH ont financé les constructions et les aménagements et 440 millions de DH ont été destinés à l'acquisition du matériel médical. D'ailleurs, le compte du régime général alimente aussi le traitement des paies des 2 793 agents constituant le personnel opérant dans l'activité médicale. La tendance de puiser dans les fonds du compte du régime général s'explique à divers degrés. Ainsi, le déséquilibre financier des polycliniques, a favorisé la subvention régulière par le régime général de l'activité médicale. « Le total cumulé des subventions accordées depuis 1984 jusqu'à 1997 s'élève à 3,78 milliards de DH », explique l'auditeur. Il faut dire que les fonds du régime général restent une manne providentielle pour la survie des polycliniques. On apprend que depuis 1984, il a accordé des prêts ou encore des avances de trésorerie de l'ordre de 850 millions de DH. Une telle somme n'a jamais été remboursée par les polycliniques. Les conclusions de l'audit précisent que ces avances « ont été provisionnées en totalité dans les comptes du régime général au 31 décembre 1997 ». Toutefois, le rapport n'a pas manqué de signaler que : « ces provisions devraient toutefois faire l'objet d'approbation par les organes de gestion de la CNSS ».
