نددت منظمة العفو الدولية، في تقرير لها، بممارسات كافة الفصائل المتصارعة في جنوب السودان التي تستخدم العنف الجنسي "على نطاق واسع" على سبيل الانتقام والعقاب لأسباب عرقية وسياسية. وتضمن تقرير المنظمة شهادات ل168 من الضحايا المدنيين الذين ينتمون إلى ولايات الاستوائية الوسطى وجونقلي وأعالي النيل والوحدة، وكذلك لاجئين من ثلاثة مخيمات في أوغندا، حيث أدانت المنظمة وقوع "اغتصابات جماعية للنساء واعتداءات جنسية بالعصي وعمليات ختان". وفي معظم حالات الاعتداء الجنسي على النساء، كان المعتدون من الرجال الذين ينتمون إلى عرق مختلف، لكن منظمة العفو الدولية تمكنت من توثيق حالات اعتداء على النساء من نفس المجموعة العرقية التي ينتمين إليها، وكان ذلك يتم عقابا لهن على اختلافهن السياسي مع المعتدين. كما شمل التقرير أيضا وقوع 16 حالة اعتداء جنسي على الرجال، حيث تعرضوا لاغتصاب وتشويه جنسي. وقالت المديرة الإقليمية لمنظمة العفو الدولية في شرق أفريقيا، موثوني وانيكي، أن هذه الاعتداءات تخلف آثارا لا تُمحى، تتمثل في إصابات جسدية ونفسية فضلا عن عدم القدرة على الإنجاب، وكذلك ترك وصمة عار اجتماعي قوية في حالة النساء، اللاتي غالبا ما يواجهن صدا من قبل أزواجهن. وأوضحت وانيكي أن كلا من الحكومة والمعارضة يجب عليهما إتخاذ خطوات عاجلة لوقف تلك الاعتداءات "مع إصدار أمر فوري بإجراء تحقيق جاد ومستقل" و"إبعاد المتشبه بهم من القوات المسلحة حتى يتم تأكيد أو نفي مزاعم تورطهم". يشار إلى أن الصراع قد اندلع في جنوب السودان في ديسمبر/كانون أول 2013 بعد أن اتهم الرئيس سلفا كير، الذي ينتمي إلى قبيلة الدنكا العرقية، نائبه ريك مشار، الذي ينتمي إلى قبيلة النوير، بتدبير محاولة انقلاب ضده.