Depuis le début de la compétition, l'arbitrage a été la cible de critiques. Penalties non sifflés, cartons jaunes et rouges à la pelle et décisions très contestées perturbent quelque peu le bon déroulement de la compétition. Jeudi 29 janvier 2004. Dans un Stade olympique de Sousse archi-comble, les Pharaons d'Egypte partent à l'assaut des Fennecs algériens. Tous les ingrédients d'une fête grandiose sont réunis : 25.000 spectateurs arborant les drapeaux des deux équipes, mais également celui du pays hôte en plus de deux équipes arabes se disputant le droit de passage au second tour. Mais ni supporters, ni joueurs, ni staff technique des deux équipes n'ont compris certaines décisions de l'arbitre luxembourgeois, Alain Hammer, qui a officié lors de cette rencontre. Ce dernier n'a pas sifflé deux penalties très évidents au profit des Pharaons, dont une faute de main dans la surface de réparation algérienne. «Un des deux penalties est évident à 100%. Sans aller jusqu'à critiquer l'arbitrage de cette rencontre, je dirais qu'il est malheureux qu'une compétition d'une telle envergure, qui connaît de très belles confrontations, soit ternie par ce genre d'agissements», estime l'ancien arbitre international tunisien Naji Jouini, également membre de la commission d'arbitrage relevant du comité d'organisation de la CAN (COCAN). Le même avis est partagé par l'ancien arbitre international algérien, Belaïd Lacarne, collègue du Tunisien au sein du COCAN. «L'arbitre luxembourgeois a commis une erreur d'appréciation lors du match Algérie-Egypte en passant sous silence un penalty évident». Et d'ajouter : «C'est une réponse à ceux qui pensent que le niveau des arbitres européens est meilleur que celui des arbitres africains». Le derby arabe n'est pas la seule partie rencontre entachée d'appréciations erronées des arbitres. Le match d'ouverture du tournoi, mettant aux prises le pays hôte, la Tunisie au Rwanda, a connu une cascade de cartons jaunes et rouges pas toujours justifiés. Contre la Tunisie toujours, l'attaquant congolais de Newcastle United, Lualua, a été expulsé après un coup de pied donné à un adversaire. Une décision que le staff technique congolais a beaucoup contestée sur le terrain et à travers ses déclarations aux médias. La désignation des arbitres n'a pas échappé aux critiques. Pour la rencontre du groupe D entre les Lions de l'Atlas et les Bafana Bafana ce mercredi à Sousse, les Sud-africains ont protesté contre la désignation d'un Tunisien pour diriger les débats. Pourtant, tout a été réfléchi pour permettre aux hommes en noir de se concentrer uniquement sur les rencontres qu'ils vont arbitrer, de leur résidence à leurs déplacements. Ils sont en effet 32 arbitres, sélectionnés pour ces phases finales, à loger ensemble dans la station balnéaire de Hammamet. Ils ne se dirigent vers les villes qui accueilleront les rencontres que le jour même, quelques heures seulement avant l'heure H. La seule exception est la ville de Sfax. En raison de son éloignement, les déplacements s'effectuent la veille du match.
