Chellah est abandonnée depuis plusieurs siècles lorsque les Mérinides choisissent le site pour y construire leur nécropole. Vers la fin du XIIIe siècle, le premier sultan Mérinide Abou Youssef Yacoub choisit cet emplacement pour la retraite et le recueillement. Il y édifie une petite mosquée funéraire où sa femme Oum-al-Izzen est inhumée en 1284. Dans les cinquante années qui suivent, princes et princesses de la dynastie mérinide y sont enterrés. L'attachement des souverains mérinides à la nécropole est lié à la guerre sainte. L'occupation du site est progressive et les aménagements successifs aboutissent à la réalisation d'une nécropole. Une inscription en écriture coufique surmontant la porte d'entrée, indique que les travaux ont été achevés en 1339, année où le sultan Abou al Hassan (le Sultan Noir) transforme la chapelle funéraire en une somptueuse nécropole royale. À l'apogée de sa puissance, il y bâtit un complexe funéraire intégral. Il construit une enceinte imposante, avec une porte monumentale, une zaouïa, un oratoire, une salle d'ablutions, un minaret et plusieurs salles funéraires. Un centre d'enseignement et d'hôtellerie pour étudiants et pèlerins, complète le tout. On trouve encore quasiment intacte la stèle d'Abou Al-Hassan et celle de sa femme, Chams Al-Doha, "Soleil du Matin", chrétienne convertie à l'Islam qui reposent tous deux ici. Celle-ci surnommée d'ailleurs Lalla Chellah, fait toujours l'objet d'un véritable culte au Maroc. Près de huit siècles après sa mort, des pèlerins venus de toutes parts se recueillent encore sur sa tombe. Les murailles ocre-rouge (de la pierre de Rabat) qui enserrent le lieu, encore aujourd'hui, datent de cette époque. L'entrée principale de cette cité des morts mais aussi asile des vivants habités par la foi, est impressionnante. C'est tout simplement l'une des portes les plus intéressantes de l'architecture militaire mérinide. Les rois de cette dynastie offraient le même faste et la même finesse à tous les monuments, civils ou religieux. Célèbre pendant tout le règne mérinide, la nécropole accueille des visiteurs illustres (poètes, savants... de l'époque). C'est l'apogée du Chellah. Le lieu est sacré, un "ribat béni" très fréquenté et le mausolée d'Abou Al Hassan est très vénéré, sa tombe étant recouverte d'un morceau du voile de la Kaâba de la Mecque. On raconte que Sidna Mohamed en personne, aurait prié dans son oratoire. Il suffisait dit-on, de faire sept fois le tour du Mihrab pour mériter le titre de Hadj (strictement réservé aux pèlerins de la Mecque).
