La région s'est dotée d'installations portuaires qui revêtent une importance capitale. Leur mise en service a considérablement participé au développement économique de la région. D'après un rapport élaboré par les services de la région de Laâyoune-Boujdour-Sakia El Hamra, le volume des investissements dans le secteur des ports dans la région dépasse 1,6 milliard de dirhams. Grâce à ces investissements, la région s'est dotée d'installations portuaires qui revêtent une importance capitale. Leur mise en service a considérablement participé au développement économique de la région. Ainsi, Laâyoune s'est dotée d'un nouveau port mis en service en 1986 pour assurer l'approvisionnement des régions du Sahara d'une part, et d'autre part pour valoriser les ressources halieutiques et minières de la région. Ce projet a nécessité une enveloppe budgétaire de plus de 880 millions de dirhams. En mars 2006, il a été procédé à l'inauguration de l'extension du port de Laâyoune dont l'enveloppe financière est d'environ 280 millions de dirhams. Ces travaux ont permis la mise en place d'obstacles de protection sur une longueur de 1500 m, la réalisation d'un quai de commerce sur une longueur de 276 mètres linéaires (ml) et 3,3 hectares (ha) de terre-pleins, d'un quai de pêche d'une profondeur de 4 m Z/H sur une longueur de 225 mètres linéaires (ml) et 4,2 ha de terre-pleins, d'une darse pour portique à sangles d'une capacité de 350 tonnes et de 55 ml de quai de réparation navale à flot. Le port s'est doté de 10 postes à guanos pour le déchargement du poisson industriel (150 ml), d'une rampe Ro-Ro et du réseau d'assainissement au quai de pêche, ainsi que du revêtement des terre-pleins et de l'extension du réseau électrique du port. Concernant les équipements portuaires, le projet a porté sur l'acquisition d'une grue de 25 T, d'un remorqueur de 3000 CV, de deux chargeuses de 4 m3 et de deux sauterelles de 450 t/h. Pour ce qui est de Tarfaya, un nouveau port y a été construit, en l'équipant d'infrastructures nécessaires, notamment une digue principale et une barrière de protection contre l'avancée des sables. Cette installation portuaire a été inaugurée en 1979 et réaménagée durant les années suivantes pour une valeur globale de 280 millions de dirhams. Concernant Boujdour, elle a été dotée d'un port en 1984 et connaît actuellement la réalisation des travaux de construction du nouveau port de la ville. Ces travaux ont nécessité une enveloppe budgétaire de 270 millions de dirhams, dont le financement a été assuré par le Budget général de l'Etat et l'Agence de la promotion et du développement des provinces du Sud (APDS) dans le cadre d'un partenariat. Les travaux ont porté sur la construction d'une digue principale de 724 mètres de longueur et d'une barrière de protection de 260 mètres de longueur. De même, des trottoirs flottants de 180 mètres de longueur ont été construits pour l'embarquement des barques de pêche, ainsi qu'un espace d'entretien et d'autres équipements.
