انضمت جماعة العدل والإحسان إلى موكب الرافضين للإنقلاب العسكري، الذي قاده رئيس أركان القوات المسلحة المصرية، عبد الفتاح السيسي، على الرئيس المصري محمد مرسي، وذلك بعد ثلاثة أيام من صمتها إزاء ما يجري من أحداث في أرض الكنانة. وأعلنت جماعة العدل والإحسان، على لسان نائب أمينها العام والناطق الرسمي باسمها، فتح الله أرسلان، في حوار أجرته "قناة الشاهد" الإلكترونية، التابعة للجماعة، ونشر مقتطف منه على موقع الجماعة، رفضها القاطع للانقلاب العسكري على الرئيس المنتخب محمد مرسي، مؤكدة رفضها المبدئي لكل الانقلابات مهما كانت مبرراتها. واعتبر فتح الله أرسلان، الحدث المصري درس لجميع الأطراف كي تستوعب طرق تدبير المرحلة الانتقالية، كما اعتبر أن ما جرى في مصر يفند ما ذهبت إليه بعض التحليلات التي اتجهت نحو التشاؤوم بشأن الربيع العربي. من جهته، وصف عمر أمكاسوا، القيادي في جماعة العدل والإحسان، في مقال نشر على موقع الجماعة، ما وقع في مصر بِ "الانقلاب العسكري" بلباس مدني مزيف، وبتواطئ مفضوح للنخب اللبرالية بكل تلاوينها حسب قوله، معتبرا الإنقلاب "خرق مكشوف لأدنى مبادئ الديمقراطية التي يتغنى بها مفجروا (ثورة) العسكر". وتوقع أمكاسو، أن يعيد الانقلاب في مصر إلى الحركة الإسلامية زخمها الشعبي، بعد أن نالت من حجمه (طاحونة) التصدي وعراقيل متعددة وفخاخ قاتلة، نصبتها معارضة "غير شريفة"، حسب وصفه، والتي كان همها يضيف أمكاسو الإطاحة بالخصم (جماعة الإخوان المسلمين)، وعدم إتاحة له أدنى فرصة لتجريب حظه في الحكم، وتطبيق برنامجه الانتخابي الذي صوت عليه غالبية الشعب المصري، في مقابل ذلك سيؤثر على مصداقية النخب الليبرالية التي أثبت تواطئها مع العسكر زيف شعاراتها. من جانبه اعتبر عمر إحرشان، مدير مكتب الأبحاث والدراسات لجماعة العدل والإحسان، الانقلاب على الرئيس المصري المنتخب محمد مرسي، "نوع من الديناميكية المرتبكة، ولحظة من اللحظات الانتقالية التي تقدم على مراحل فاصلة في سيرورتها.. كما هو حال تاريخ الثورات الكبرى، حيث لا يكون المنحنى جامدا ولا يكون بالضرورة متصاعدا بل يتأرجح بين النجاح والإخفاق وبين الأمل والانتكاس وبين الصعود والهبوط وحتى الجمود".
