أقرت اللجنة التنسيقية لجماهير الثورة المصرية بتعرض "جمعة المحاكمة والتطهير" لمؤامرة من جانب من سمتها عناصر الثورة المضادة، وشددت على أن العلاقة بين الجيش والشعب "خط أحمر، ولن يسمح لأحد بإفسادها". جاء ذلك ردا على اتهامات للجيش بإطلاق النار على متظاهرين حاولوا مواصلة الاعتصام في ميدان التحرير بعد انتهاء جمعة المحاكمة والتطهير, حيث اندلعت صدامات أسفرت عن سقوط قتيل واحد على الأقل ونحو 71 مصابا. ونقلت وكالة أنباء الشرق الأوسط المصرية، عن بيان للجنة التي توصف بأنها المظلة السياسية للغالبية العظمى من القوى الفاعلة بتنظيم ثورة 25 يناير، إن بعض الجماعات هاجمت المنصة الرئيسية وافتعلت الشجار والصدام مع القائمين عليها، وحاولوا في البداية منع ترديد هتافات "الجيش والشعب.. إيد واحدة" ثم حاولوا منع خطيب الجمعة الدكتور صفوت حجازي من إلقاء "خطبة الجمعة" وهددوا بالاعتداء عليه إذا صعد للمنصة. كما قال البيان إن جماهير الثورة لن تقبل أي مساس بالقوات المسلحة. وفى الوقت ذاته، تطالب بسرعة الاستجابة لمطالب الثورة حتى يتفرغ الشعب لبناء المستقبل وإدارة عجلة الإنتاج من جديد "ويتفرغ الجيش لمهمته الرئيسية وهي حماية الوطن وصون حدوده". يُشار إلى أن اللجنة التنسيقية تضم مجلس أمناء الثورة، وجماعة الإخوان المسلمين، والجمعية الوطنية للتغيير، وائتلاف شباب الثورة، وتحالف ثوار مصر، وائتلاف مصر الحرة، وحركة شباب 25 يناير، وائتلاف الأكاديميين المستقلين. الجيش ينفي بدوره نفى الجيش إطلاق رصاصة واحدة في الميدان، وقال إن طلقات النيران "كانت من عناصر مدسوسة تابعة للثورة المضادة". وكان اللواء عادل عمارة مساعد وزير الدفاع واللواء إسماعيل عتمان مدير الشؤون المعنوية قالا خلال مؤتمر صحفي مساء الأحد 10 أبريل 2011 إن سياسة المجلس الأعلى للقوات المسلحة هي التأكيد على حق التظاهر السلمي, مشيرًا إلى أنه "وقعت خلال التظاهرات بعض الإساءات والألفاظ غير اللائقة ضد القوات المسلحة والمجلس الأعلى للقوات المسلحة إلا أنه لم تتدخل أي عناصر للقوات المسلحة ضد المتظاهرين". وتحدث عمارة عن تهديدات للسفارة الأميركية القريبة من ميدان التحرير على خلفية "حرق المصحف" وتهديد السفارة الإسرائيلية على خلفية قصف إسرائيل قطاع غزة، معتبرا أن تلك التهديدات تعمل على الوقيعة بين الشعب والقوات المسلحة وتشتت جهود القوات المسلحة من وقت لآخر بهدف إبعادها عن الأحداث الرئيسية. وأكد أن عددا من المتظاهرين قاموا بنصب خيمة وبداخلها أفراد يرتدون الزي العسكري بالمخالفة للقانون فأرسل الجيش إشارات للمتظاهرين للخروج, مشيرا إلى أنه تم التعرف على أشخاص بعينهم منضمين للمتظاهرين ينتمون في الأساس لجهات تدعم الثورة المضادة. كما أشار إلى إصابة أربعة من رجال القوات المسلحة. ونبه عمارة إلى أن "أسلوب هذه الأحداث يتطابق مع أسلوب وطريقة موقعة الجمل" محذرا من الوقيعة بين الشعب والقوات المسلحة, وأشار إلى أن النيابة العسكرية تجري تحقيقات وسيتم كشف نتائجها خلال أيام. وفي هذا السياق, أعلن المجلس في صفحته على فيسبوك أنه أمر بضبط وإحضار إبراهيم كامل العضو البارز بالحزب الوطني الديمقراطي (الحاكم/سابقا) بعدما وردت معلومات عن تورطه في أعمال تحريض وبلطجة من بعض أتباعه وإثارة الجماهير في ميدان التحرير. وقال الجيش إنه سيستخدم القوة لفض أي اعتصامات في ميدان التحرير خلال ساعات الحظر. من جهة ثانية نفى رئيس الوزراء عصام شرف استقالته من منصبه, ووعد بإطلاق سراح جميع المعتقلين على خلفية الأحداث الأخيرة. وأشار اللواء إسماعيل عتمان العضو بالمجلس العسكري إلى أن شرف التقى المجلس وناقش ضمانات تنفيذ مطالب الثورة. وشدد على أن المجلس لا يتهاون بملاحقة الفاسدين أيا كان موقعهم، كما أكد أن محاكمة الرئيس المخلوع حسني مبارك تخص الجهات القضائية فقط. انتقادات للجيش يُذكر بهذا الصدد أن الجيش أصبح هدفا لعدد من المحتجين الذين يقولون إنه متواطئ مع فلول نظام مبارك ويجهض نداءات بإجراء عمليات تطهير أعمق في صفوف المسؤولين السابقين. ونقلت رويترز عن أحد المتظاهرين -يدعى عبد الله- بميدان التحرير أن المجلس العسكري "جزء لا يتجزأ من النظام الفاسد فهو مكون من رؤساء الجيش الذين استفادوا من مبارك وثلاثين عاما من سرقة الشعب المصري". كما قال متظاهر آخر "إذا استخدموا القوة فإننا سنستخدم القوة، هذه ليست ليبيا حيث يمكن للجيش مهاجمتنا". وقال ثالث وهو صاحب متجر "إما أن يقدم المشير طنطاوي هؤلاء الناس: مبارك وابنه جمال وغيرهما للمحاكمة أو يستقيل من منصبه ويترك غيره يفعل ذلك".
