La solution du conflit du Sahara passe par une gestion démocratique, la confiance et le dialogue. C'est la position du PJD qui vient de clore les travaux de son conseil national à Bouznika. Une solution au conflit autour du Sahara marocain passerait par une gestion démocratique, le dialogue ainsi que la confiance et le respect entre populations et institutions. C'est la position du PJD formulée, via un communiqué officiel, à l'issue des travaux de son conseil tenus le 31 décembre 2005 et le 1er janvier 2006 à Bouznika. Ce communiqué, qui porte la signature de Abdelilah Benkirane, président du conseil national du PJD, affirme également qu'aucune solution ne saurait être viable sans le respect des lois et des libertés d'expression et de manifestation dans le cadre de la loi. Les islamistes, à l'issue de leurs travaux, ont émis un appel pour la levée du blocus imposé aux Marocains séquestrés à Tindouf sur le territoire algérien et à faire la lumière sur le sort des disparus. Le PJD se prononce aussi pour que soient traduits devant une juridiction internationale les responsables de torture et de mauvais traitements subis par les Marocains dans les camps et prisons de Tindouf. La régionalisation et l'autonomie des régions du sud étaient l'un des points les plus importants du conclave du PJD. Les cadres de ce parti discutaient d'un document sur le Sahara examiné et adopté à la fin des travaux de leur conseil national. Selon une source du parti de Saâd Eddine Othmani, un mémorandum à ce sujet devra être soumis au gouvernement dans les jours à venir après quelques retouches. C'est, note une source PJD, une sorte de réponse au contenu du discours royal du 6 novembre 2005 appelant à la contribution des partis politiques à l'effort de réflexion sur ce dossier. Selon cette source, il ne s'agit pas uniquement d'axer toute la réflexion sur la solution du conflit autour du Sahara marocain via une offre d'autonomie, mais d'amener tous les cadres du parti à doter ce dernier d'une vision claire de la régionalisation qui concerne tout le territoire national. Le communiqué final du conseil national du PJD rappelle la nécessité du respect des fondements nationaux, à savoir l'Islam, l'intégrité territoriale et la monarchie constitutionnelle fondée sur la Commanderie des Croyants (Imarat Al Mouminine). Le PJD a également adopté un autre mémorandum qui sera adressé au gouvernement et portant sur les élections législatives de 2007. En plus d'un statut de base taillé sur mesure pour être conforme avec la loi sur les partis politiques. Cet aspect avait d'ailleurs fait l'objet des travaux de la première université d'été tenue par les cadres du PJD à Rabat. Des critiques, il y en aura eu lors de cette session ordinaire et notamment de la part de Saâd Eddine Othmani. Le patron du PJD, tout en saluant le travail de l'IER, a estimé que cette dernière n'a pas donné l'attention qu'il fallait à la période ayant suivi l'Indépendance. M. Othmani a évoqué également les "dépassements" qui ont entaché l'après-16 mai 2003 et appelé à libérer les "innocents".
