La Pédoflore La pédoflore ou flore du sol comprend les organes souterrains des plantes (racines, tubercules, rhizomes, bulbes, etc.) et surtout des microorganismes (algues uni ou pluricellulaires, champignons, cyanobactéries et bactéries). Ces organismes participent à la minéralisation et à l'humification de la matière organique morte. Celles-ci sont toujours améliorées quand la matière organique a préalablement été fragmentée par les animaux de la pédofaune et qu'elle a transité par leur tube digestif. Les algues Les algues autotrophes sont surtout présentes sur la surface du sol ou dans ses deux ou trois premiers centimètres. Il leur faut, en effet, pour la photosynthèse, recevoir un minimum d'éclairage. Certaines algues hétérotrophes (Euglènes) peuvent vivre plus profondément. Beaucoup de ces algues sont entourées d'une couche mucilagineuse qui abrite de nombreuses bactéries. Les champignons Les champignons du sol peuvent être des champignons supérieurs (basidiomycètes et ascomycètes), des levures ou des champignons inférieurs, souvent regroupés sous le vocable de moisissures (Penicillium, Aspergillus, Fusarium, Trichoderma, Mucor, etc.). Les champignons sont des êtres hétérotrophes. Leurs populations sont donc conditionnées par la richesse du sol en matière organique. Dans les sols riches, leurs populations oscillent entre 1 et 2 tonnes à l'hectare. La grande majorité des champignons sont saprophytes. Mais un bon nombre d'espèces sont des parasites redoutables. Enfin, certaines espèces vivent en symbiose avec les plantes supérieures (mycorhizes). Les champignons sont généralement moins exigeants quant aux conditions de milieu que ne le sont d'autres organismes du sol, particulièrement les bactéries. La plupart des champignons s'accordent avec un pH acide et de conditions micro aérobies. Les champignons interviennent principalement dans la dégradation des sucres complexes (cellulose, lignine) et dans les processus d'ammonification (dégradation des matières azotées). Les Actinomycètes Les actinomycètes sont des bactéries ramifiées, à allure de moisissures. Ces microorganismes ont généralement les exigences des bactéries aérobies (pH voisin de la neutralité, bonne oxygénation). Les actinomycètes participent activement à l'humification en s'attaquant à la lignine. Mais surtout, ils sont capables de s'attaquer aux humus pour qu'ils libèrent à la fois l'azote qu'ils contiennent, mais aussi les éléments échangeables qu'ils avaient fortement adsorbés. Les de la terre. Certains actinomycètes (Frankia) vivent en symbiose avec diverses espèces végétales dont l'aulne actinomycètes ou plus exactement, divers produits de leur métabolisme, sont responsables des odeurs. Il est bien difficile d'évaluer les populations bactériennes dans un sol. On admet souvent qu'une tonne de matière organique exigerait l'intervention de cent à deux cent kilos de bactéries. Ces bactéries ne sont, naturellement, pas présentes en même temps sur ces matières organiques. Ce sont plutôt des populations différentes qui se succèdent en fonction de l'état d'avancement de la dégradation. Parmi les bactéries des sols, on distingue les bactéries aérobies, participant essentiellement à des réactions d'oxydation de la matière organique et les bactéries anaérobies, les réduisant au cours de fermentations. On admet généralement que les conditions aérobies sont meilleures pour les sols et les bactéries qu'ils abritent. On sait qu'un sol asphyxique n'est guère fertile et peu favorable aux végétaux. Toutefois, la présence de noyaux d'anaérobiose dans un sol peut se révéler très favorable à une meilleure et plus complète utilisation des métabolites issus de l'oxydation des matières organiques. On distingue aussi les bactéries hétérotrophes des bactéries autotrophes. Parmi les bactéries hétérotrophes, les saprophytes participent à la minéralisation de la matière organique morte (nécromasse). D'autres sont appelées bactéries humifiantes Les bactéries autotrophes sont capables de tirer leur énergie et leurs matériaux de construction essentiellement à partir de substances minérales. Dans les sols, un nombre important de bactéries autotrophes jouent des rôles essentiels, en particulier dans les cycles biogéochimiques importants comme ceux de l'azote, du phosphore ou du soufre. Parmi les bactéries intervenant dans le cycle de l'azote, on peut citer les bactéries nitreuses (Nitrosomonas, Nitrosococcus). Ces bactéries transforment l'ammoniaque en acide nitreux et en nitrites ; les bactéries nitriques (Nitrobacter) qui oxydent les nitrites en nitrates ; les bactéries dites réorganisatrices qui utilisent les nitrates pour synthétiser des molécules organiques azotées ; enfin, certaines bactéries dites dénitrificatrices, en milieu anaérobie, respirent les nitrates en libérant de l'azote gazeux. Il existe aussi une catégorie de bactéries, quelquefois appelées bactéries semi-autotrophes. Ces bactéries ont une source d'azote minérale et une source de carbone organique. Ces bactéries sont les bactéries fixatrices d'azote. Certaines sont libres dans les sols (Azotobacter, Clostridium), d autres vivent en symbiose, par exemple avec les légumineuses (Rhizobium). Qu'elles soient autotrophes, hétérotrophes, aérobies ou anaérobies, les bactéries exigent toutes des conditions abiotiques assez strictes : un pH neutre (hormis les bactéries acidiphiles), une humidité moyenne, une température plutôt fraiche (bactéries psychrophiles) et différents oligoéléments dont principalement du calcium échangeable (le calcium neutralise les acides organiques libérés par le métabolisme bactérien).
