Le président soudanais Omar el-Béchir a été réélu pour un mandat de cinq ans à l'issue d'un scrutin chaotique dont s'étaient retirés ses adversaires les plus sérieux en dénonçant des fraudes. Les Etats-Unis et l'Union européenne ont fait état de leurs réserves face aux irrégularités du scrutin. Listes mal établies, bourrages d'urnes (un exemple a même été filmé), intimidations d'électeurs et de candidats, les irrégularités auront été nombreuses, même si les élections se sont déroulées dans une paix relative. L'annonce des résultats locaux, notamment dans le cadre des élections de gouverneurs d'Etat, peut encore déclencher des contestations violentes. Mais Omar el-Bachir en recueillant 68% des suffrages devient le premier chef d'Etat à se faire élire alors qu'il est visé par un mandat d'arrêt international. La Cour pénale internationale (CPI) souhaite en effet le juger à La Haye (Pays-Bas) pour des atrocités commises au Darfour. Outre le président, le scrutin qui s'est ouvert le 11 avril et a duré cinq jours a renouvelé le Parlement et les responsables locaux. C'étaient les premières élections multipartites organisées dans le pays depuis 24 ans. Elles étaient l'un des points clés de l'accord de paix conclu en 2005, après 24 ans de guerre civile opposant le nord arabe et musulman au sud chrétien et animiste. Ce conflit a fait deux millions de morts et encore plus de déplacés.D'après la commission électorale, Omar el-Béchir a obtenu 68% des suffrages sur plus de 10 millions de bulletins validés. La guerre du Darfour a fait deux millions de morts. Les élections ont été boycottées par plusieurs partis, accusant de fraudes le mouvement d'Omar el-Béchir, au pouvoir depuis presque 21 ans. Les observateurs internationaux ont pointé du doigt les irrégularités mais n'ont pas demandé de nouveau scrutin. Ils ont simplement souhaité que des leçons soient tirées afin que se déroule mieux le référendum prévu l'an prochain sur l'indépendance du Sud-Soudan. Lors de ce scrutin prévu en 2011, le Sud-Soudan décidera s'il souhaite faire sécession. Après l'annonce de sa réélection, Omar el-Béchir a promis de tendre la main à toutes les forces politiques soudanaises pour former un «partenariat» national. «Vous nous avez accordé votre confiance», a-t-il déclaré lors d'une intervention télévisée. «Je réaffirme que j'irai de l'avant pour que le référendum du sud se tienne en temps et heure et que le processus de paix au Darfour s'accomplisse». Le président du Sud-Soudan Silva Kiir a lui aussi conservé son poste en recueillant près de 93% des suffrages dans le sud. C'est un autre conflit, celui du Darfour, qui vaut à Omar el-Béchir ses soucis judiciaires. Le 4 mars 2009, la Cour pénale internationale (CPI) a lancé un mandat d'arrêt international contre l'homme fort de Khartoum, pour crimes de guerre et crimes contre l'humanité au Darfour. Dans cette région de l'ouest du Soudan, grande comme la France, l'apparition de mouvements rebelles en 2003 a entraîné une campagne contre-insurrectionnelle d'une grande violence, menée par l'état avec le soutien de forces paramilitaires, les janjawids, recrutés parmi les tribus dites arabes. Selon les estimations des Nations unies, la guerre civile au Darfour a fait au moins 300.000 morts et 2,7 millions de déplacés depuis le début du conflit en 2003. Mais pour Omar El-Béchir, la véritable bataille commence maintenant. Celle qu'il a engagée avec l'appui de l'Union africaine contre la CPI de La Haye.
