Ce partenariat vise à poursuivre la transformation du secteur sanitaire, en mettant particulièrement l'accent sur la lutte contre le VIH/Sida, le paludisme et les autres maladies infectieuses. Il s'inscrit dans la série d'accords conclus récemment par les Etats-Unis avec plusieurs pays africains, dont le Libéria, l'Ouganda et la Côte d'Ivoire, dans le cadre de l'American First Global Health Strategy. Cette stratégie encourage les pays bénéficiaires à mobiliser davantage de ressources domestiques pour répondre à leurs priorités sanitaires. Le Burundi devra ainsi contribuer à hauteur de 26 millions de dollars d'ici 2030, soit environ 17 % de l'enveloppe totale. Ces dernières années, le Burundi a réalisé des avancées notables dans son système de santé, selon l'OMS. Il a notamment intégré le vaccin contre le paludisme à son programme de vaccination de routine. Concernant le VIH, 92 % des personnes séropositives connaissent leur statut, 98 % d'entre elles reçoivent un traitement antirétroviral (TAR) et 93 % ont atteint la suppression de la charge virale, se rapprochant ainsi de l'objectif 95‐95‐95 fixé pour 2025. Malgré ces progrès, le pays fait face à plusieurs défis : forte dépendance aux aides internationales, manque de personnel qualifié, pénuries de médicaments et difficultés d'accès aux soins dans les zones rurales.
