مع اقتراب دخول قانون العقوبات البديلة ومرسومه التطبيقي حيز التنفيذ، أصدر المجلس الأعلى للسلطة القضائية تعليمات لرؤساء المحاكم الابتدائية واستئناف، تتعلق بضمان تطبيق فعال ودقيق لهذه العقوبات. ووجه المجلس إلى ضرورة تخصيص قاض لكل محكمة لمتابعة ملفات العقوبات البديلة والتنسيق مع المؤسسات السجنية وضمان تنفيذ الأحكام وفق القوانين والتنظيمات المعمول بها. وشددت التوجيهات على أن يكون منطوق الأحكام واضحا ومحددا، متضمنا العقوبة الحبسية الأصلية وجميع التفاصيل المتعلقة بنوع العقوبة البديلة، مدتها، أماكن تنفيذها، وشروط تطبيقها، كما أكدت على ضرورة التنبيه إلى أن أي إخلال بتنفيذ العقوبة البديلة يؤدي إلى تفعيل العقوبة الحبسية الأصلية أو ما تبقى منها. كما ركز المجلس على أهمية تبليغ النيابة العامة، والمؤسسة السجنية، أو الهيئة المعنية بالمحكوم عليه، بما يضمن متابعة التنفيذ بدقة، وشملت التعليمات تفاصيل محددة حسب نوع العقوبة البديلة: العمل من أجل المنفعة العامة، المراقبة الإلكترونية، البرامج التأهيلية أو العلاجية، بما في ذلك العناوين، المدد، أوقات الحضور والانصراف، والجهات المسؤولة عن المتابعة. وأخيرا، شدد المجلس على ضرورة احترام وضبط الآجال القانونية لكل مرحلة من مراحل التنفيذ، لضمان فعالية النظام الجديد وتعزيز الثقة في العدالة، مع التأكيد على أن هذه التوجيهات لا تمس باستقلالية القضاة في إصدار أحكامهم.