حذرت منظمة العفو الدولية "المجلس الوطني الانتقالي" الليبي بأن عليه تشديد قبضته على الجماعات المسلحة المناهضة للقذافي ووقف الهجمات الانتقامية وعمليات القبض التعسفي عليهم، وذلك لدى إصدارها تقريراً رئيسياً بشأن انتهاكات حقوق الإنسان إبان النزاع في ليبيا. وجاء في تقرير من 107 صفحات بعنوان: "المعركة على ليبيا: أعمال القتل وحالات الاختفاء والتعذيب"، معلومات قيام قوات القذافي بارتكاب جرائم بمقتضى القانون الدولي على نطاق واسع إبان النزاع المسلح، مقابل ارتكاب القوات الموالية "للمجلس الوطني الانتقالي" انتهاكات كذلك ترقى في بعض الحالات إلى جرائم حرب. وبناء على معطيات التقرير، الذي توصلت "أندلس برس" بنسخة منه، قال كلاوديو كوردوني، المدير المسؤول في منظمة العفو الدولية، إنه "يتعين على السلطات الجديدة أن تقطع قطعاً تاماً مع انتهاكات الماضي التي امتدت لأربعة عقود، وأن تعتمد معايير جديدة بوضع حقوق الإنسان في قلب جدول أعمالها"، وأن "الكرة الآن في ملعب المجلس الوطني الانتقالي كي يغير مسار الأمور ويضع حداً للانتهاكات ويباشر بالإصلاحات التي تحتاجها البلاد بصورة ملحة وعاجلة في مضمار حقوق الإنسان." وبناء على التقرير أيضا، فقد عثرت منظمة العفو الدولية على أدلة بأن قوات القذافي ارتكبت أثناء النزاع جرائم حرب وانتهاكات قد ترقى إلى مرتبة جرائم ضد الإنسانية، بما في ذلك هجمات عشوائية وقتل جماعي للسجناء وعمليات تعذيب واختفاء قسري واعتقالات تعسفية. وفي معظم الحالات، كان المدنيون هم من تحمل وزر هذه الانتهاكات بالدرجة الأولى، ولكن المنظمة قامت أيضاً بتوثيق عمليات وحشية "لتصفية الحسابات" من قبل القوات المناهضة للقذافي عندما طردت قوات القذافي من شرق ليبيا، بما في ذلك أعمال شنق وقتل جماعية لجنود تم أسرهم تابعين لقوات القذافي، كما قتل عشرات ممن اشتبه بأنهم من موظفي أجهزة الأمن السابقين أو الموالين للقذافي أو من المرتزقة عقب القبض عليهم منذ فبراير في شرق ليبيا. وحذرت منظمة العفو الدولية من أن ثمة خطر مع استمرار القتال، حيث ما زال القتال دائراً للسيطرة على بعض المناطق في البلاد، من أن تتكرر مثل هذه الأنماط من الانتهاكات، مضيفة أن الأجانب من ذوي الأصول الإفريقية ما برحوا يتعرضون للخطر على نحو خاص. فما بين الثلث والنصف من مجموع المعتقلين في مراكز الاحتجاز في طرابلس والزواية هم من مواطني الدول الأجنبية – وتعتقد منظمة العفو الدولية أن معظمهم هم من العمال المهاجرين وليسوا مقاتلين، كما وجدت منظمة العفو الدولية أن الشائعات التي انتشرت على نطاق واسع بأن قوات القذافي استخدمت أعداداً كبيرة من المرتزقة الأفارقة من دول جنوب الصحراء في فبراير اتسمت بالمبالغة الشديدة. ولكن مسؤولي "المجلس الوطني الانتقالي" لم يفعلوا شيئاً يذكر لتصحيح ما روج خطأً من أن الأفارقة من دول جنوب الصحراء عملوا كمرتزقة. ودعت منظمة العفو الدولية في "جدول أعمال لحقوق الإنسان من أجل التغيير" اتسم بالشمولية ووجهته إلى "المجلس الوطني الانتقالي"، السلطات الجديدة إلى أن تخضع جميع مراكز الاحتجاز على الفور لسلطة وزارة العدل وحقوق الإنسان، وإلى أن تضمن عدم إجراء أي عمليات قبض إلا من قبل هيئات رسمية، وليس على أيدي "الثوار".