ردا على ما كان قد صرح به وزير العدل والحريات مصطفى الرميد، حين تقديمه لمسودة مشروع قانون المسطرة الجنائية، من أن المسودة توفقت في تحقيق معادلة صعبة، تتمثّل في ضرورة التوفيق بين وقاية المجتمع من الجريمة، وضمان الأمن، من جهة، وحماية الحقوق وحريات الأشخاص من جهة أخرى، ذهبت "بيت الحكمة" إلى أن مسودة مشروع قانون المسطرة الجنائية "يتعارض مع ما صرح به وزير العدل والحريات". وعلى الرغم من بعض المقتضيات الجديدة التي نصت عليها مسودة مشروع قانون المسطرة الجنائية، لأول مرة، من قبيل تسجيل استنطاق الأشخاص الموضوعين رهن الحراسة النظرية، المشتبه في ارتكابهم جنايات أو جنح تتجاوز العقوبة المقرر لها سنتين حبسا، بهدف المساعدة على التحقيق في الشكايات التي يدعي أصحابها أن تصريحاتهم أُخذت تحت التعذيب، غير أن مؤسسة "بيت الحكمة" في بيان لها أن مشروع قانون المسطرة الجنائية "لا تستجيب لمضامين وفلسفة دستور 2011، وتعطّل فرصة الإصلاح الحقيقي لمنظومة العدالة". واعتبرت "بيت الحكمة" أنه على الرغم من التعديلات التي أدخلت عليه، إلا أن المسودة تكرس خرق مبدأ سرية البحث التمهيدي، من خلال إعطاء النيابة العامة وحدها حق اطلاع الرأي العام على مجريات القضية مع إمكانية تفويضها هذا الحق للضابطة القضائية". ومن جهة أخرى، ترى المؤسسة أن قواعد المسطرة الجنائية جاءت خالية من إقرار الجزاء عن عدم التقيد بها، وإعمال مقتضياتها، كما هو الشأن بالنسبة لخرق مقتضيات الفصول المتعلقة بإشعار كل شخص موضوعٍ تحت الحراسة النظرية بحق الصمت، والاستفادة من مساعدة قانونية، والاتصال بأقاربه، وتعيين محام أو طلب تعيينه في اطار المساعدة القضائية