L'IER a décidé d'indemniser plus de 9280 victimes des graves violations des droits de l'Homme. Les indemnisations vont parfois de pair avec des décisions supplémentaires de réparation. Bien avant la mise en place de l'IER, l'Instance indépendante d'arbitrage (1999-2003) avait décidé l'octroi d'indemnisation à plus de 4.000 personnes. Cette première approche avait suscité bien des critiques et dont, entre autres, le fait que le Maroc ait déboursé près de cinq fois le montant versé aux victimes de longues décennies d'Apartheid en Afrique du Sud. L'IER, selon ses statuts, n'est pas une instance de recours pour les « mécontents » sauf en cas d'erreurs de comptabilité. A l'issue de ses travaux et de son mandat, l'IER déclare avoir résolu 16.861 dossiers individuels. Sur ce total, elle a décidé l'indemnisation de 9.280 victimes ou ayants droit avec des recommandations supplémentaires de réparation au profit de 1.895 personnes. Il s'agit, dans la majorité des cas, de recommandations pour la réintégration dans la Fonction publique, la régularisation de situations administratives ou professionnelles. En plus, et sur les 4.000 personnes indemnisées par l'Instance indépendante d'arbitrage, l'IER a recommandé d'autres formes de réparation pour 1.499 victimes des violations des droits de l'Homme. Le total des dossiers ayant de ce fait reçu une réponse positive, et sur l'ensemble de plus de 22.000 demandes, atteint 9.779. L'IER a tenu à clarifier les choses en déclinant les critères retenus par ses équipes lors de la prise de décision concernant les dossiers qui lui avaient été soumis. Elle affirme avoir retenu la privation de liberté, la spécificité de la disparition forcée, les conditions de détention et de séquestration, la torture ou autres traitements inhumains, les séquelles physiques ou psychiques qui en résultaient ainsi que la perte d'opportunités professionnelles et économiques et le manque à gagner qui y est afférent. Outre les indemnisations, l'IER a entamé depuis les premiers mois de son existence une démarche d'accompagnement médical des victimes et notamment pour les cas nécessitant une intervention urgente. Dans les recommandations contenues dans son rapport final, l'IER alloue beaucoup d'attention à la santé des victimes des violations des droits de l'Homme et leurs ayants droit. Ainsi, elle recommande que soient prises en change, immédiatement et de manière personnalisée, 50 personnes souffrant de graves séquelles. Elle recommande également l'extension d'une couverture médicale obligatoire à toutes les victimes identifiées comme telles par l'IER. Et, enfin, la création d'un dispositif permanent d'orientation et d'assistance médicale pour ces victimes. Comme pour toute commission vérité, l'IER et ses équipes de travail ont eu à être en présence de dossiers incomplets, mais aussi de témoignages que rien ne venait corroborer.
