Deux scénarios sont actuellement envisagés, dans le cadre de l'étude de faisabilité des options de développement de l'offre portuaire d'Agadir: une réorganisation du port actuel avec une extension vers l'ouest d'une part, et un redéploiement vers le nord de l'autre. Dans le cadre de l'étude de faisabilité des options de développement de l'offre portuaire d'Agadir, deux scénarios sont actuellement envisagés en vue du redéploiement de cette infrastructure de grande importance. Il s'agit, d'une part, d'une réorganisation du port actuel avec une extension vers l'ouest, et de l'autre d'un redéploiement vers le nord. Mais quel que soit le scénario retenu, ce dernier doit permettre de remédier aux anomalies entravant le bon fonctionnement de l'enceinte portuaire. Parmi elles figurent le problème de congestion au niveau du port de commerce, qui entraîne un coût supplémentaire pour les opérateurs économiques, mais aussi la gestion de l'encombrement des quais, notamment pour la pêche hauturière, et l'accostage des bateaux durant la période d'arrêt biologique, qui immobilise la flotte six mois par an. À cela s'ajoutent l'insuffisance des aires de stockage au niveau du port de commerce ainsi que l'absence d'un chantier naval structuré et la dispersion de flottilles de pêche à différents endroits du port, notamment les barques de la pêche artisanale, présentes au niveau du quai (-6m), du carré de pêche et du triangle de pêche. De l'avis des professionnels, le regroupement de la pêche artisanale au sein du bassin N1, réservé aux bateaux de plaisance, nécessiterait le transfert des quelques bateaux de cette catégorie vers le bassin nautique de la marina et une réflexion sur le site du yacht club qui conviendrait pour l'entretien des barques. S'agissant de l'encombrement, l'hypothèse serait de transférer les bateaux de la marine royale vers un autre endroit (extension vers l'ouest) qui répond au mieux aux attentes de cette dernière. Cela permettrait de récupérer le bassin qu'elle occupe actuellement (en partie) et de le consacrer à la pêche côtière. S'agissant de l'activité des croisières, les conditions de transit sont toujours difficiles puisque les paquebots accostent dans le terminal commercial, lequel n'est pas adapté à ce genre d'activités touristiques. Aujourd'hui, le terminal de croisière, censé résoudre les problèmes rencontrés, est toujours attendu par les opérateurs touristiques.
