La première phase de l'AMO s'étalera sur cinq ans, avec des prestations limitées pour les salariés du privé. 1,6 million d'entre eux, non encore couverts, rejoindront ensuite le système. Au bout de cinq ans, l'AMO pourra offrir plus de prestations. L'AMO sera gérée par la Caisse nationale de sécurité sociale (CNSS) pour les salariés du secteur privé, d'une part, et, par la Caisse nationale des organismes de prévoyance sociale (CNOPS), pour les fonctionnaires d'autre part. En revanche, le système n'offrira pas de couverture totale lors de son entrée en vigueur. Au cours des cinq premières années, seules les pathologies lourdes (une vingtaine, au départ, puis portées à une quarantaine de gros risques : cancer, sida, diabète, hépatite, maladies cardiovasculaires, pulmonaires, hémodialyse...) seront prises en charge pour les affiliés, aussi bien en matière d'hospitalisation que de frais de pharmacie. Selon ce résonnement, les soins ambulatoires, petites maladies et leur corollaire d'achats courants de médicaments seront exclus de l'AMO. Par contre, les populations vulnérables comme certaines catégories de femmes et d'enfants en bénéficieront. Selon l'article 114 de la loi 65-00 relative à l'AMO, le régime s'étendra à toutes les personnes qui ne sont pas actuellement couvertes. Soit environ 1,6 million de salariés du secteur privé. Les 350 000 autres disposant déjà d'une couverture maladie auprès des assurances et mutuelles privées, auront la possibilité de pouvoir continuer à bénéficier de leur ancien système pendant cinq ans, ou de se mettre sous le régime de l'AMO et de négocier avec leur assureur un complément de couverture, notamment pour les soins ambulatoires. Dans une première phase, l'AMO offrira des avantages limités. En effet, les 350 000 personnes déjà couvertes ayant des salaires élevés (60% de la masse salariale déclarée à la CNSS), le choix qui leur est donné de ne pas rejoindre l'AMO prive le système d'une manne de cotisations. Au bout de cinq ans, et en fonction du nombre de nouveaux adhérents, l'AMO, dotée de ressources plus importantes, pourra offrir plus de prestations,notamment le remboursement des fameux soins ambulatoires. Côté taux de remboursement, l'AMO offrira des taux dans une fourchette prévue de 70 à 90%. Pour le secteur public, en revanche, les choses sont plus simples. Environ 2,5 millions d'adhérents bénéficient d'une large couverture médicale auprès de la CNOPS. L'apport de l'AMO, dans ce cas, sera double : l'extension de la couverture médicale à environ 207 000 personnes, comprenant les fonctionnaires qui n'étaient pas couverts et 78 000 retraités (le système étant facultatif).
