Avant l'IER, avait été constituée l'Instance d'arbitrage indépendante pour l'indemnisation des victimes de la disparition forcée et de la détention arbitraire. Cette instance a traité, et tranché, des milliers de dossiers. Les indemnisations versées ont avoisiné un milliard de DHS. Le 16 août 1999, et sur recommandations du CCDH, fut instaurée l'Instance d'arbitrage indépendante pour l'indemnisation. Cette instance, de par ses statuts, était chargée d'instruire les cas de disparition forcée et de détention arbitraire et de décider des indemnités à allouer aux victimes ou leurs ayants droit. Composée de neuf membres, dont des représentants des ministères de la Justice et de l'Intérieur, cette Instance a reçu pas moins de 5.127 demandes pour des faits étalés sur la période allant de 1956 à 1999. Cette Instance, une fois les demandes reçues, avait tenu près de 400 audiences pour auditionner près de 8.000 personnes, la plupart autour de faits remontant aux années 1970. Si elle prévoyait des indemnités provisionnelles pour que les victimes puissent parer à d'urgentes dépenses pour soins médicaux, entre autres, l'Instance d'arbitrage finira par rendre ses sentences après la fin de sa mission fixée au 10 juillet 2003. Ainsi, elle tranchera pour l'indemnisation définitive de 7.000 personnes à travers 5.500 sentences. Ses dernières étaient basées sur multiples critères dont la situation sociale de la victime (ou de ses ayants droit), les frais nécessaires pour d'éventuels soins… Durant les auditions, les victimes ou leurs ayants droit avaient la possibilité de se faire assister par un avocat ou un proche et il était obligatoire que chaque affaire soit instruite par un minimum de trois membres. Cela n'avait pas empêché l'Instance d'arbitrage de décider le rejet de 890 dossiers. Rejets motivés comme le stipulent les textes régissant le travail de cette instance. A noter également que les décisions de cette instance ne souffraient aucun recours, que ce soit de la part des victimes ou de l'Etat. En coordination avec la Primature, et les départements ministériels concernés, les sentences de cette instance d'arbitrage ont été exécutées au fur et à mesure et seules quelques dizaines de personnes n'ont pas été indemnisées pour ne pas s'être présentées. D'ailleurs, elles ont été contactées pour le faire. Ce que cela a coûté ? Pas moins de 1 milliard de DHS et rien que pour les indemnisations. A titre de comparaison, ce montant représenterait quelque chose comme le triple ou le quadruple de ce qui a été déboursé en Afrique du Sud pour les victimes des longues décennies de l'apartheid. Le travail de cette instance est considéré comme une première phase de la réconciliation voulue par l'Etat, mais aussi le début de la reconnaissance de la responsabilité de ce dernier. Reconnaissance implicite qui gagnera en degré avec l'instauration de l'Instance Equité et Réconciliation.
