L'étude conjointe des experts de l'OMS et chinois a conclu que la transmission à l'homme par un animal intermédiaire est une hypothèse « probable à très probable« , tandis qu'un incident de laboratoire reste « extrêmement improbable« . Selon la version finale du rapport, les spécialistes, qui selon certains n'ont pas eu assez de latitude pour travailler librement lors de leur séjour de quatre semaines en Chine, ont jugé que « compte tenu de la littérature sur le rôle des animaux d'élevage en tant qu'hôtes intermédiaires pour les maladies émergentes, il est nécessaire de réaliser d'autres enquêtes incluant une plus grande étendue géographique » en Chine et ailleurs. Ce rapport des spécialistes, qui selon certains n'ont pas eu assez de latitude pour travailler librement lors de leur séjour de quatre semaines à Wuhan, confirme les premières conclusions des experts qu'ils avaient présentées le 9 février dans cette ville chinoise où est apparu le virus. Les experts privilégient la théorie généralement admise de la transmission naturelle du virus d'un animal réservoir – probablement la chauve-souris – à l'homme, par l'intermédiaire d'un autre animal qui n'a pas encore été identifié. La transmission directe du virus via l'animal réservoir est toutefois jugée « possible à probable« , par le rapport. Les experts n'ont par ailleurs pas écarté celle d'une transmission par de la viande surgelée – piste privilégiée par Pékin – jugeant que ce scénario est « possible« . Le rapport recommande de poursuivre des études sur la base de ces trois hypothèses, mais il balaie en revanche la possibilité que le virus ait été transmis à l'homme en raison d'un accident de laboratoire. Dans leur rapport, les experts indiquent ne pas avoir étudié le cas d'une fuite volontaire, et jugent « extrêmement improbable » un accident. Dans ses conclusions, le rapport indique que les études de la chaîne d'approvisionnement du marché de Huanan (et d'autres marchés de Wuhan) n'ont pas permis de trouver « des éléments de preuves de la présence d'animaux infectés, mais l'analyse des chaînes d'approvisionnement a fourni des informations » utiles pour des études de suivi ciblées, notamment dans des régions voisines. Les experts appellent également à « ne pas négliger les produits d'origine animale provenant de régions situées en dehors de l'Asie du sud-est« . Et de conclure : « Les enquêtes doivent être conçues [...] dans des zones plus vastes et dans un plus grand nombre de pays« .
