JLEC dispose d'un programme de gestion et de protection de l'environnement qui suit les recommandations de la Banque Mondiale. Ce dernier, dont la mise de départ avoisine les 30 millions de dollars -soit environ 300 cents millions de dirhams, couvre tous les secteurs d'activité de l'entreprise. JLEC dispose ainsi d'un suivi et d'un contrôle des émissions de ses cheminées dont la hauteur a été étudiée pour limiter la dispersion des cendres volantes afin de minimiser leur impact sur l'environnement. Ces cheminées sont en plus équipées de filtres spéciaux qui récupèrent 99% des particules de poussière. Ces cendres sont recyclés à hauteur de85% par un groupement de cimentiers de la région. La qualité de l'air et des eaux est également régulièrement contrôlée. Une station de contrôle de la qualité de l'air a été spécialement crée à cet effet en 1998. De plus, la surveillance de la qualité des eaux souterraines, des eaux usées et des eaux de refroidissement est assurée mensuellement par un laboratoire externe. En matière de prévention de la pollution marine, JLEC possède un barrage flottant mis en place au niveau du quai charbonnier pour faire face à toute fuite éventuelle de fioul des cargos transportant le charbon. L'entreprise dispose enfin d'une gestion spécifique de ses déchets solides et de ses produits chimiques, ainsi qu'un contrôle du niveau de bruit. La filiale du groupe Taqa s'assure que chacune de ses nouvelles constructions est aux normes internationales en matière d'environnement. Pour les futures unités 5 et 6 qui seront construites dans le cadre de l'extension de la centrale thermique de Jorf Lasfar, JLEC adoptera les dernières normes en vigueur, plus strictes, en matière de protection de l'environnement (normes de la Banque Mondiale de décembre 2008). JLEC, c'est aussi une entreprise certifié ISO 14001. Cette norme qualifie les processus de « management environnemental » de l'entreprise. En d'autres termes, depuis décembre 2004, l'entreprise est reconnue, selon des critères internationaux, comme un organisme qui réduit au minimum les effets dommageables de ses activités sur l'environnement. Périodiquement et en marge des audits du ministère du commerce et de l'industrie, des audits externes des bailleurs de fonds ainsi que la maison mère TAQA sont menés pour vérifier la conformité de JLEC à cette norme. Un programme de sensibilisation du personnel de JLEC à l'environnement a également démarré en 1999. Des séances d'information sont ainsi organisées régulièrement au profit des employés qui offrent des connaissances de base sur l'écologie, la pollution, le comportement au sein et en dehors de l'entreprise. Une attention particulière est accordée également aux sociétés sous-traitantes contractant avec JLEC.
