تعيش الانظمة الاحيائية بالجهة تحت ضغوط متعددة ذات بعد طبيعي (مخاطر الزلازل، والفيضانات المتكررة) او مرتبطة بالنشاطات البشرية (التمدن غير المراقب انقراض الغابات، الرعي بالمفرط، تلوث المياه وتلوث البحر) او بسبب النشاط الفلاحي او الاستقلال المفرط للثروات البحرية. فالموارد المائية في الجهة تعاني من تدهور لنوعيتها بسبب النفايات الحضرية وارتفاع نسبة الملوحة بسبب زحف مياه البحر، وتضرر الفرشات المائية بسبب انسلال ملونات فلاحية وكذا تغير انظمة مجاري المياه بسبب لاستغلال المفرط لمواد البناء. وتتعرض أمراض المجاري المائية السطحية لجرف الاثربة مما يتسبب في تعرية مفرطة للمرتفعات والتربة وهو ما يؤثر على ديناميكية مجاري الاودية ويهدد جودة الاراضي ويقوض جهود تعبئة المياه السطحية ويتسبب في توحل السدود. وتتعرض الغابات في الجهة لضغط كبير يؤثر على تطورها وحمايتها. فالكثافة السكانية تعني حاجيات متزايدة سواء من حيث المساحة او بالنسبة للزراعات والسكن والمراعي والحاجيات من خشب التدفئة. وهو ما يؤدي الى انقراض الغابات بمعدل 1500 هكتار في السنة (%2 سنويا، وهو أعلى نسبة في المغرب). كما ان عدم تصفية الوعاء الغابوي لاسيما في أقاليم الحسيمة وتاونات يؤدي الى احتلال واستغلال غير قانوني للملك الغابوي. ويعرف التنوع البيئي في الجهة تدهورا مهما بسبب الضغط الانساني، والرعوي الذي يمنع التجدد الطبيعي للغطاء البناتي والحيواني. كما تعيش المناطق الساحلية بالجهة تلوثا بسبب مقدوفات المياه العادمة ومقدوفات المواد الصلبة في الشواطىء التي تشهد تدهورا بسبب الاصطياف المفرط والاقتلاع المفرط للرمال. وتساهم أنماط الصيد غير المشروع ايضا في تدهور الموارد البشرية. وتبقى الجهة من أكثر المناطق تعرضا للمخاطر الطبيعية (الزلازل والفيضانات) وباستثناء المطرح المنظم لجماعة الحسيمة، فإن باقي الجماعات في الجهة تطرح نفاياتها في مطارح عشوائية تقع في الغالب قرب مجاري المياه مما يزيد من مخاطر تلوث وتدهور المجال. وتبقى الاشكالية أهم التجمعات الحضرية هي مشكل التوسع الحضري وتدهور الانسجة العمرانية القديمة وتنامي السكن غير المنظم ونقص التجهيز والتعنت العمراني بالاضافة الى الاختلال بين وثيرة التمدن وتوقعات التخطيط الحضري. وبفعل الضغط الديمغرافي والهجرة القروية الداخلية، يعرف قطاع السكن طلبا كبيرا على السكن بجميع اصنافه يتجاوز بكثير طلب سوق العقر غير المهيكل بالرغم من حجم برامج السكن التي أطلقت في المنطقة، وهو ما يشجع القطاع العشوائي. وباستثناء مدن الحسيمة، ايمزورن. بني بوعياش وتارغيست التي تتوفر على محطات لمعالجة المياه العادمة. تقدف باقي مدن ومراكز الجهة مياهها العادمة مباشرة في الوسط الطبيعي مع ما يترتب عن ذلك من مشاكل بيئية وصحية. وبالنظر لإمكانيات الجهة في إنتاج الزيتون (%20 من الانتاج الوطني تنتجه منطقة تاونات) فإن نفايات مطاحن الزيتون تقدف نحو مجاري المياه او في الطبيعة مما يشكل تهديدا للموارد المائية وتشكل خطرا بيئيا حقيقيا لاسيما في اقاليم تازة وتاونات. كما أن السكن غير اللائق والعشوائي يمثل مخاطر صحية حقيقية ويساهم في تنامي العديد من الامراض.
