L'IER est parvenue à élucider un total de 742 cas de personnes présentées comme victimes portées disparues. Toutefois, le sort de 66 personnes reste non élucidé. L'Instance recommande à l'Etat de poursuivre les investigations sur la base du travail déjà accompli. Le rapport final que l'IER a remis à Sa Majesté le Roi affirme que 742 cas de décès ou de disparition forcée (toutes catégories confondues) ont été totalement élucidés. Toutefois, l'IER déclare avoir la conviction, sur la base de ses investigations, que le sort de 66 personnes reste à élucider. Elle recommande, dans ce sens, à l'Etat d'aller encore plus loin dans le travail accompli par ses équipes et sur la base des informations qu'elle a pu réunir à la fin de son mandat: les témoignages recueillis et les débuts de piste identifiés comme tels et qui font désormais partie du gigantesque fond d'archives légué par l'IER à la mémoire des Marocains. Parmi ces cas non élucidés, figureraient l'affaire Ben Barka et le sort de Houcine Manouzi, deux des plus célèbres figures de la gauche marocaine dont le nom est intimement associé à la disparition forcée. Pour Mehdi Ben Barka, l'USFP vient de créer une commission de suivi qui se prononcera sur le travail accompli par l'IER une fois dévoilé le rapport final de cette dernière. Dans ce rapport, l'IER évoque déjà un ensemble de difficultés et d'obstacles dressés devant son action. Il est ainsi question de la fragilité de certains témoignages oraux, l'état qualifié de «déplorable» de certains fonds d'archives nationales rendant ces dernières presque inexploitables et l'imprécision de certains témoignages d'ex-responsables. Dans son rapport final, les auteurs du rapport de l'IER ne mâchent pas leurs mots, soulignant que certains ex-responsables ont refusé de «contribuer à l'établissement de la vérité» et que la coopération des appareils de sécurité a été «inégale». Pour le reste, l'IER a rendu son verdict concernant 742 cas avec plus de précisions pour 592 d'entre-eux. Ainsi, 173 personnes ont trouvé la mort dans des centres de détention (légaux ou non) entre les années 1950 et les années 1990 avec un « pic » pour les années 1970. Les mouvements sociaux de 1965, 1981, 1984 et 1990 seront encore plus dévastateurs puisqu'ils feront 322 morts. L'IER s'est également intéressée aux cas de disparitions liés au conflit autour des régions du Sahara marocain. Ainsi, elle conclut que, sur 211 personnes présumées disparues, 144 sont tombées lors d'accrochages armés. 40 de ces 144 personnes ont été identifiées et leurs lieux de sépulture déterminés. 88 autres personnes ont été identifiées, mais sans que l'IER parvienne à en savoir plus sur le lieu de leur enterrement. Autre précieux renseignement : 67 personnes données pour disparues ont été reconduites à Tindouf par les soins du CICR en octobre 1996...
