Le Maroc a entrepris sa réforme universitaire en septembre 2003 dans le cadre de l'harmonisation des cursus d'enseignement supérieur avec les standards européens. La mise en œuvre de l'architecture Licence, Master, Doctorat (LMD) a été la pierre angulaire de la réforme de l'enseignement supérieur en 2003. Toutefois, le Conseil supérieur de l'éducation, la formation et la recherche scientifique (CSEFRS) fait montre de son échec dans son nouveau rapport. Le nouveau rapport du Conseil supérieur de l'éducation, la formation et la recherche scientifique pointe du doigt plusieurs anomalies du système LMD. En effet, les auteurs du rapport soulignent que l'organisation LMD est basée sur un ensemble de « décisions improvisées, de demi-mesures et d'incohérences » qui « ont paradoxalement alourdi la machine et limité les retombées positives de cette réforme ». Alors que le Maroc espérait accroître la mobilité des étudiants marocains à l'étranger ainsi que la mobilité entre disciplines et formations grâce à l'harmonisation des cursus d'enseignement supérieur avec les standards européens, le Conseil supérieur de l'éducation, la formation et la recherche scientifique fait savoir que dès le départ, cette réforme souffrait d'un défaut congénital. Le mécanisme de crédits, un des piliers du système LMD au côté des modules, n'a pas été intégralement déployé. En effet, le mécanisme modulaire et semestriel mis en oeuvre par le Maroc s'est paradoxalement défait du mécanisme de crédits, constate le Conseil supérieur de l'éducation et de la formation. En traduisant la charge réelle de travail, le mécanisme de crédits permet d'élargir l'éventail des travaux effectués par l'étudiant [NDLR : cours, travaux pratiques, sorties de terrain, enquêtes, laboratoires, bibliothèques, rédaction de travaux…] au lieu de la notion de cours ou des travaux dirigés. Pour les auteurs du Rapport, le fait de ne pas achever le LMD en se détournant du mécanisme de crédits a potentiellement réduit la mobilité des étudiants, tant académique que professionnelle, à la fois aux niveaux national et international. Autre anomalie relevée par le Conseil supérieur de l'éducation, la formation et la recherche scientifique : l'absence de l'auto-évaluation des filières. Par ailleurs, dans les facultés dites à accès ouvert des effectifs dans les trois niveaux de licence, le rapport du Conseil supérieur de l'éducation, la formation et la recherche scientifique annonce qu'elles ont enregistré une baisse continue du taux de diplomation en 3-4 ans, à partir de 2007-2008 pour atteindre son niveau le plus bas en 2012-2013, à savoir 19,1%. Quant au redoublement, il a atteint un niveau élevé en première année. De 19% en 2006, ce taux a continuellement augmenté pour atteindre 47% en 2016-2017. Cette difficulté de dépasser le cap de la première année favorise le décrochage : plus de 25% des étudiants abandonnent leurs études après une année d'inscription. Ce taux était de 17,4% en 2007-2008 et a atteint 25,3% en 2012-2013. Globalement, seul un 1/3 en moyenne des étudiants arrive à obtenir la licence fondamentale. Le taux de diplomation est passé, quant à lui, de 32% pour la cohorte 2007-2008 à 27% pour celle de 2012-2013. A noter que le Conseil supérieur de l'éducation, la formation et la recherche scientifique fait savoir que la responsabilisation de l'université pour une formation de qualité doit s'accompagner d'une autonomie pédagogique, financière et administrative, et doit disposer de son patrimoine.
