انطلاقا من الصلاحيات المعهود بها للمجلس، والمضمنة بالظهير الشريف المتعلق بإعادة تنظيمه، يشمل عمل المجلس فيما يخص حماية حقوق الإنسان ومساعدة ضحايا الانتهاكات التصدي لحالات خرق حقوق الإنسان، إما تلقائيا أو بطلب ممن يعنيهم الأمر، بدراسة وتقديم توصيات بشأنها للجهة المختصة. كما يسعى، بالتعاون مع المؤسسات المماثلة، إلى الإسهام الفعال في حماية حريات المغاربة القاطنين بالخارج وصون حقوقهم. وفي إطار ممارسته مهامه يسهر المجلس على تتبع تفعيل توصيات هيئة الإنصاف والمصالحة وتحليل الانتهاكات الماسة بالحريات العامة والفردية، في ضوء الشكايات المحالة على المجلس وتقارير المنظمات الحقوقية وسائر الجمعيات المعنية أو المهتمة.كما يهتم بمتابعة الأوضاع في السجون ومراكز حماية الطفولة وأوضاع ذوي الاحتياجات الخاصة ودراسة حاجاتهم وأحوالهم والسعي إلى إصدار توصيات واقتراحات بخصوصهم. تعتبر هيئة الإنصاف والمصالحة لجنة وطنية للحقيقة والإنصاف والمصالحة، وقد أنشئت بناء على القرار الملكي بالموافقة على توصية صادرة من المجلس الاستشاري لحقوق الإنسان، وعلى الظهير الشريف المتضمن للنظام الأساسي للهيئة الصادر في 12 أبريل 2004، وهي ذات اختصاصات غير قضائية في مجال تسوية ملف ماضي الانتهاكات الجسيمة لحقوق الإنسان. من مهامها البحث والتحري والتقييم والتحكيم والاقتراح. ويشمل اختصاصها الزمني الفترة الممتدة من أوائل الاستقلال (1956) إلى تاريخ المصادقة الملكية على إحداث هيئة التحكيم المستقلة للتعويض (1999). وقد أعدت الهيئة تقريرا ختاميا تضمن نتائج وخلاصات الأبحاث والتحريات والتحاليل بشأن الانتهاكات وسياقاتها، والتوصيات والمقترحات الكفيلة بحفظ الذاكرة، وبضمان عدم تكرار ما جرى، ومحو آثار الانتهاكات، واسترجاع الثقة وتقويتها في حكم القانون، واحترام حقوق الإنسان. وأنيطت بالمجلس الاستشاري لحقوق الإنسان متابعة تنفيذ توصيات الهيئة. وقد أصدر المجلس في 14 يناير 2010 تقريرا رئيسيا عن حصيلة متابعته لتنفيذ توصيات هيئة الإنصاف والمصالحة على مستوى المحاور الأربعة لتوصيات الهيئة: الكشف عن الحقيقة، جبر الأضرار الفردية، جبر الأضرار الجماعية، والإصلاحات المؤسساتية والتشريعية.
