أثار غياب الرئيس الأوغندي يوري موسيفيني في مراسم تشييع جنازة جارانج، باعتباره زميل دراسة وصديقا مقربا من جارانج، تساؤلات حول سر غيابه، وتزامن هذا مع تزايد نشر توقيعات جديدة وآراء لخبراء مسؤولين ودوليين تفيد بأن موسيفيني ربما كان وراء قتل جارانج، لأنه أظهر ميلا للوحدة مع الخرطوم على عكس رغبة موسيفيني، الذي كان يرنو لانفصال الجنوب وضمه لبلاده للاستفادة من ثرواته. ويشير خبراء إلى أن معلومات عن تدهور الحالة الفنية للطائرة الرئاسية الأوغندية، التي سافر بها جارانج قبل هبوط الليل بوقت قصير، إضافة لإصرار نائب جارانج وخليفته (سلفا كير ميارديت) على تأكيد التزامه بتنفيذ اتفاقية السلام مع الحكومة السودانية ومعاهدة الجنوبيين أن يكرس جهده لوحدة البلاد وصعوده المنصة للإمساك بيد البشير عاليا، كما فعل جارانج من قبل، كلها تشير لاحتمالات أن يكون قادة الحركة لديهم شكوك في مؤامرة لقتل جارانج. وكان الأكاديمي السوداني المعروف البروفسور د.حسن مكي قد أعلن أن ملابسات مصرع جارانج تشير إلى تعرضه لمؤامرة، ووجه مكي، المتخصص في الشؤون الإفريقية أصابع الاتهام صراحة إلى الرئيس الأوغندي يوري موسيفيني قائلا: إن الدوافع وراء ذلك تعود إلى أن أوغندا المحدودة الموارد والكثيفة السكان كانت تخطط لفصل جنوب السودان عبر دعمها للحركة الشعبية طوال العقدين الماضيين لتستفيد من موارده النفطية والطبيعية. وأضاف: إن توجه جارانج نحو الحفاظ على وحدة السودان وفق مضمون جديد لم يجد ترحيبا من موسيفيني، الذي يفضل التعامل مع عناصر في قيادة الحركة الشعبية أكثر ميلا للانفصال.... قال خبراء في الشأن السوداني: إن حركة التمرد الجنوبية (الحركة الشعبية) أظهرت زعيمها جون جارانج، النائب الأول لرئيس جمهورية السودان خلال جنازته السبت 682005على أنه مات متمردا لا نائبا لرئيس جمهورية السودان، حينما أصر قادة الحركة على لف تابوت جارانج بعلم حركة التمرد الذي يسمى علم السودان الجديد، ورفعه علنا في الطريق إلى المقبرة أمام الرئيس البشير وقادة العالم، وعدم الاكتفاء بعلم جمهورية السودان الموحد ما أثار التساؤلات عن الإصرار على الانفصال بالجنوب. إلا أن دبلوماسيا سودانيا بسفارة السودان بالقاهرة نفى وجود أي دلالة لرفع علم الحركة الشعبية في جنازة جارانج ولف تابوته بهذا العلم على اعتبار أن هذا علم الحركة، سبق رفعه في مناسبات أخرى، ولا يمثل مشكلة أو حساسية لدى السودانيين، وقال محمد آدم الملحق الإعلامي السوداني بالقاهرة ل إسلام أون لاين: إن كل الأحزاب السودانية لديها علم خاص بها مثل الأمة والاتحادي وغيرها، وهذا أمر طبيعي في السودان، وضمن هؤلاء الحركة الشعبية كحزب جنوبي لها علم يسمى علم السودان الجديد، ولا يعني هذا أي دلالة على نوايا انفصالية أو إظهار جارانج في مماته رجلا متمردا، وليس نائبا أول لرئيس جمهورية السودان.
