L'université Al Qaraouiyne est désormais placée sous le Haut patronage de SM le Roi Mohammed VI et la tutelle du ministère des Habous et des affaires islamiques. C'est ce que stipule un projet de loi adopté par le Conseil de gouvernement, jeudi 2 juillet 2015, et qui s'inscrit dans le cadre de la réorganisation de l'université Al Qaraouiyne conformément au Dahir no1-15-71 du 7 Ramadan 1436 (24 juin 2015). Objectif : ériger l'université Al Qaraouiyne en une institution scientifique de référence en matière de théologie et de l'histoire de la pensée et de la civilisation islamique. Présenté par le ministre de l'enseignement supérieur, de la recherche scientifique et de la formation des cadres, ce projet de loi n 45-15 vise ainsi à extraire l'université Al Qaraouiyne du champ d'application des dispositions de la loi 01-00 portant organisation de l'enseignement supérieur et sa suppression de la liste des universités définies en fonction du Dahir formant loi no 1-15-394 relatif à la création des universités.
Les listes des établissements et des instituts relevant de cette université ont également été définies. Dans ce sens, le Conseil de gouvernement a adopté le projet de décret n 2-15-505 qui prévoit d'annexer l'Institut de la pensée et de la civilisation islamiques de Casablanca à l'université Al Quaraouiyine. Cet institut ne relèvera donc plus de l'Université Hassan II de Casablanca. Ce projet de décret vise également à annexer les établissements universitaires qui relevaient de l'université Al Quaraouiyine aux différents universités relevant de leur ressort territorial après la publication du Dahir N 1-75-71 du 24 juin 2015. Il s'agit de la faculté de la Chariaa de Fès, de la Faculté de Langue Arabe de Marrakech, de la Faculté Oussoul Addine (Théologie) de Tétouan, de la faculté de la Chariaa d'Agadir et de la Faculté des Sciences de la Chariâa (Théologie) de Smara.
