En las primeras horas del 13 de junio, Israel lanzó una ofensiva militar contra Irán. Desde entonces, el Frente Polisario ha mantenido un silencio inusual frente a este nuevo conflicto iniciado por el Estado hebreo. Brahim Ghali, en un mensaje dirigido al presidente iraní, no expresó su habitual solidaridad hacia la República Islámica ni hacia el pueblo iraní. Los principales portavoces del Frente no han reaccionado a los ataques israelíes contra su único aliado en la región, especialmente tras la caída del régimen de Bashar Al-Assad en Siria. A pesar de esto, Brahim Ghali solía aprovechar cualquier oportunidad para enviar cartas al jefe de Estado iraní. Así lo evidencia su mensaje del 7 de enero de 2024: «El terrorismo y la masacre de inocentes de los que ustedes son víctimas son los mismos que sufre hoy el pueblo palestino de Gaza y nuestro pueblo del Sáhara Occidental, perpetrados por individuos unidos por la ideología del asesinato, la injusticia y la ocupación. Esto requiere la continuación de la resistencia», escribió al presidente iraní tras los atentados terroristas del 3 de enero en Kerman. Este silencio se produce en medio de una campaña en Estados Unidos para incluir al Polisario en la lista de organizaciones terroristas. El 9 de junio, la revista estadounidense «The National Interest» destacó, en un artículo, que tras la pérdida de Siria, «los principales apoyos del Polisario son Argelia e Irán. Con tales aliados, está claro que al Frente Polisario no se le debería conceder una nación entera». Por su parte, el diputado republicano Joe Wilson propuso una ley para clasificar al movimiento separatista como organización terrorista. Este parlamentario, cercano al presidente Donald Trump, justificó su petición por los vínculos entre el Polisario e Irán. Irán reconoce desde 1980 a la «república árabe saharaui democrática (RASD)». Representantes del régimen iraní participan en los congresos del Frente. En la lista de organizaciones terroristas establecida por Estados Unidos figuran, entre otros, el cuerpo de los Guardianes de la Revolución en Irán y el Hezbolá libanés, dos entidades que tienen vínculos con el Polisario.
