Les droits des médecins, et notamment leur indépendance professionnelle : le texte de loi et sa note de présentation cite 11 fois « l'indépendance professionnelle » des médecins sans pour la définir clairement. En milieu privé, l'indépendance du médecin est directement confrontée è des pressions financières de nature à porter atteinte à l'autonomie des médecins avec des risques de sélection abusive, dont le choix des pathologies à traiter, en raison de leur coût. Les risques de dérives pour raison de rentabilité persistent malgré les dispositions inscrites dans le projet de loi. La maîtrise des coûts de prise en charge : le projet de loi stipule l'obligation d'affichage des tarifs et des conventions. Cette disposition n'a qu'une très faible plus-value réelle en matière de maîtrise des coûts de prise en charge, car le malade ne consomme pas les actes de traitements ou diagnostics, mais subit leur consommation, tout comme les tiers-payants. La maîtrise des coûts de prise en charge n'est pas garantie. L'article 75 de la loi interdit le chaque de garantie ou la demande de caution monétaire, en cas de tiers payants, mais il exclut du dispositif les autres patients, pour le moment largement majoritaires, n'ayant aucune assurance maladie. Par ailleurs, cette pratique est déjà condamnée par le Code de commerce (article 316). Le Code de déontologie qui est régi par un arrêté résidentiel de 1953 est aujourd'hui caduc et nécessite une adaptation à l'évolution de l'exercice de la médecine. Cependant le projet de loi s'appuie sur ce code de déontologie, qui ne prévoit pas l'extension de l'obligation du respect des règles déontologiques à des « propriétaires » d'établissements de soins non-médecins. La nature des contrats liant le directeur médical et le « propriétaire », le médecin et l'établissement, n'étant pas définie, la délimitation des responsabilités civiles et pénales du directeur médical en cas de problème n'est pas clairement établie. Il en va de même pour la délimitation entre les responsabilités civiles et pénales du médecin et celles de l'établissement. L'ensemble des dispositions d'évaluation et de contrôle renvoient à des dispositifs et instances de contrôle qui se sont avérés défaillants à ce jour (inspection du ministère de la Santé et de l'Ordre des médecins) et les missions de contrôle sont confiées à des instances définies de manière imprécise dans le texte « des représentants de l'administration » ou « l'autorité gouvernementale ». Selon l'Ordre des médecins qui est une instance de contrôle et qui peut statuer sur certaines questions en rapport avec la profession médicale, le Conseil National de l'Ordre National des Médecins n'aurait pas été consulté officiellement pour donner son avis sur le projet de loi 131-13,7 bien qu'il soit cité 142 fois dans ce projet de loi.
