Initié en 1999 par Jean-Pierre Chevènement, mis en place en 2003 par Nicolas Sarkozy, le Conseil français du culte musulman est la première instance officielle de tous les Musulmans de France, même si le problème de représentativité reste posé. Créé en 2003, le Conseil français du culte musulman (CFCM), en plus d'être un lieu de débats, permet d'abord à la deuxième religion dans l'Hexagone, comptant 4 à 5 millions de fidèles, d'être officiellement représentée. Le conseil, ainsi que ses différents corollaires régionaux, a pour objet de régler des questions d'ordre pratique comme la construction de mosquées, les carrés musulmans dans les cimetières, l'organisation des fêtes religieuses comme Aïd Al Adha, la nomination des aumôniers dans les hôpitaux, les prisons, les lycées et collèges et la formation des imams. Le CFCM, qui précise-t-on n'a pas pour vocation de défendre et développer des positions politiques, mais tout simplement le culte musulman, n'est pas venu de nulle part. Pendant trois ans, une consultation initiée par le ministre de l'Intérieur Jean-Pierre Chevènement, poursuivie par Daniel Vaillant et achevée par Nicolas Sarkozy, a eu lieu auprès d'une petite vingtaine de personnalités. Sa création a fait office d'événement «historique», selon Sarkozy, alors ministre de l'Intérieur. Ce dernier n'a d'ailleurs pas caché sa joie d'avoir réussi là où tous ses prédécesseurs au même ministère ont échoué, les uns après les autres, depuis plus de vingt ans. L'idée d'organiser le culte musulman en France remontant à Pierre Joxe, et à l'année 1984. Le conseil est composé de 17 membres cooptés initialement pour 2003-2005. Pour le prochain mandat (2005-2007), tous les membres devaient être élus. Présidé par Dalil Boubakeur, recteur de la Mosquée de Paris, il dispose également de deux vice-présidents. Il s'agit de Fouad Alaoui, secrétaire général de l'Union des organisation islamiques de France (UOIF) et Mohammed Bechari, président de la Fédération nationale des Musulmans de France (FNMF). Si le premier est à la tête d'une organisation qu'on dit fondamentale, proche des Frères musulmans, le deuxième, à la tête d'une fédération regroupant les Marocains, est quant à lui qualifié de modéré. Le conseil dispose de 41 membres élus, de 154 délégués et de 25 CRCM (Conseils régionaux du culte musulman). Son fonctionnement n'en a pas moins été objet de critiques, voire d'oppositions. La principale raison de cette opposition est le caractère non représentatif et anti-démocratique du fonctionnement du CFCM. Il n'y a que 4042 électeurs, ce qui ne représente qu'une toute petite part de la population musulmane de France. De plus, pour le premier mandat du Conseil d'administration du CFCM, une partie de ce CA à été cooptée, c'est-à-dire qu'elle n'est pas issue du vote mais de négociations.
