Après avoir mené une enquête ouverte par les autorités italiennes, il a été conclu que le navire humanitaire, a fait passer 24 tonnes de déchets toxiques pour des déchets classiques. Le parquet de Catane en Sicile, a enquêté sur le traitement des déchets à bord (restes alimentaires, vêtements des personnes secourues, déchets issus des activités médicales). Lundi 19 novembre, les autorités ont donc demandé la mise sous séquestre de l'Aquarius et ont engagé des poursuites contre leur partenaire, Médecins Sans Frontières (MSF). Pour rappel, l'Aquarius est le navire humanitaire affrété par l'ONG SOS Méditerranée. Il a secouru 29.000 personnes entre février 2016 et l'été 2018 et a pour mission de secourir les migrants en Méditerranée. Selon les règles du droit maritime, c'est la côte la plus proche qui doit assumer la responsabilité d'accueil des migrants. Or, il arrive très souvent que le navire accoste sur les côtes italiennes. Ce qui n'arrange pas tellement le gouvernement italien qui a par conséquent fermé ses frontières aux migrants. L'Aquarius est actuellement immobilisé à Marseille, depuis que le Panama a annoncé qu'il lui retirait son pavillon pour « non-respect des procédures juridiques internationales » concernant le sauvetage des migrants en mer. Pour MSF, la décision de la justice italienne est « mise en œuvre dans l'unique but d'empêcher les actions médicales et humanitaires pour sauver des vies en mer en les criminalisant encore davantage ».
