رغم الجهود المبذولة من طرف كل القطاعات المعنية، مازالت الوضعية البيئة للمنطقة الشرقية تتميز بعدة مشاكل بيئية كبرى ابرزها المنطقة الساحلية والمناطق الرطبة التي تتعرض لعدة ضغوط تهددها لاسيما تدهور حوض نهر ملوية بسبب مقذوفات المياه العادمة الفلاحية والصناعية. تدهور المجال البيئي لجبل كدوز، من خلال تدهور السكن والضغط الرعوي والقطع العشوائي للاشجار. البحيرة الشاطئية للناضور (مارسيكا) او موقع رامسار، التي تعتبر خزانا بيولوجيا تقصده عدة انواع من الاسماك للتوالد لكن ا لعديد من هذه الأنواع معرض للانقراض ليس فقط بسبب الصيد المفرط، ولكن كذلك بسبب التلوث الناجم عن مقذوفات المياه العادمة، وما تحمله مختلف ا لانهار من مياه ملوثة تصل الى البحيرة (واد كابالو وواد سلوان). تدهور ساحل السعيدية من خلال الاستغلال المفرط والعشوائي للرمال ومخاطر ارتفاع مستوى مياه البحر. التواجد المكثف للحشرات في المنطقة الساحلية للسعيدية تلوث اغلب شواطئ اقليم الناضور بسبب النفايات وكثرة الحشرات على طول الساحل لاسيما على مستوى الناضور تدهور التنوع البيئي خاصة بجبل كوروكو وموقع رامسار( مطارح عشوائية للازبال، التصحر، الاستغلال المفرط للصيد). تدهور التنوع البيئي بشكل عام في الجماعات ا لقروية اولاد علي بلقاسم مشروع حمادي، تانشرني، مستغمر، اتينغر،سيدي لحسن، اهل اولاد زار، اولاد محمد والعطوف. تدهورالاراضي والغابات في المنطقة ولا سيما في اقليم فكيك ابرز ملامحها تسمم الاراضي بالنيترات (هضبة تريفاس، اقليمبركان) والمياه العادمة (فكيك) تدهور اغلب غابات المنطقة من خلال الرعي المفرط، والاستغلال ا لمفرط لحطب التدفئة. تدهور الواحات (فكيك، بوعنان، عين الشواط)، بسبب شح المياه الجوفيةوملوحة الارض وزحف الرمال، ومشاكل تضرر النخيل (مرض البيوض). زحف الرمال على البنيات التحتية، لا سيما الطرق على مستوى بوعرفة وفكيك. تدهور الموارد المائية تدهور الموارد المائية في المنطقة سببه كثرة مصادر التلوث مقذوفات المياه العادمة المنزلية والفلاحية والصناعية دون معالجة، نحو المياه الصحية او الجوفية. وتعرف المنطقة نقصا في التطهير السائل في الوسط الحضري، وانعدامها كليا في الوسط القروي. واغلب مقذوفات النفايات المنزلية تتم في المجال الطبيعي (الاودية ومجاري المياه الاكثر تضررا (زا، اكايا وايسلي). واغلب ا لنفايات الصناعية تتم بشكل عشوائي في المجال الطبيعي و %15 فقط من النفايات الملوثة يتم جمعها عبر شبكة التطهير لمدن وجدة، تاوريرت، والناظور. وتضر المقذوفات السائلة للمياه العادمة المنزلية والصناعية بجودة الموارد المائية (وادي بونعايم او وادي سلوان). وتشهد اغلب احواض المياه الجوفية في المنطقة استغلالا مفرطا مما يؤدي الى ندرة احتياطي المياه بالنسبة للاجيال القادمة (المياه الجوفية لجبل الحمرا، انكاد وبوهرية). ويبقى المستوى المرتفع لتوحل السدود في المنطقة احد ابرز المشاكل البيئية مما يضعف حجم تخزين المياه في هذا الحوض (حوض ملوية). كما ان جودة الهواء تعرف تدهورا كبيرا بسبب مقذوفات السيارات التي تستعمل محروقات فنية بالرصاص مهربة من الجزائر. وايضا التلوث بسبب المقالع، والتلوث بسبب المحطة الحرارية لجرادة. والتلوث الذي تسببه مصادر الاجور (19 مصنعا) على محور الناضور - زايو منها 4مصانع في الناضور النفايات الصلبة تعرف المنطقة عدة نقط سوداء فيما يخص معالجة النفايات الصلبة بسبب ضعف وسائل جمع ونقل النفايات وايضا المطارح العشوائية، والمطارح المغلقة التي تتطلب معالجة، النفايات الميتة المطروحة على مستوى الاودية والشعاب والاحواض جنوب مدينة وجدة، مما يقلص قدرة تخزين مياه الامطار ويعرقل مجرى المياه مما يزيد من خطر الفيضانات. وتعاني المنطقة ايضا من غياب مراكز المعالجة والتحويل على مستوى بعض الجماعات القروية وغياب محطات لمعالجة النفايات الطبية (مستشفى الفرابي) بالاضافةالى اشكالية الاكياس البلاستيكية المنتشرة لا سيما في مدينة الناضور وضواحي وجدة والجماعات القروية بني انصار وبني درار. كما ان النفايات الصناعية التي لا تخضع للمعالجة في وادي سلوان الذي يصب في بحيرة مارشيكا، بالاضافة الى النفايات المنجمية والمعدنية المقذوفة في وادي تيريل بجرادة تشكل تهديدا حقيقيا على جودة المياه وتهدد صحة السكان المجاورين. اشكالية التعمير والبناء والسكنى بالرغم من الجهود المبذولة في مجال السكن من اجل خلق شروط الانعاش والتحفيز، تعاني المنطقة الشرقية من وجود عدة اشكال من السكن غير اللائق وخاصة السكن العشوائي الذي يمثل نصف النسيج الحضري لمدينة وجدة. واكثر من تلقي النسيج الحضري في مدن جرادة، بركان، وتاوريرت، وقد وضعت وزارة السكنى والتعمير وإعداد المجال عدة مشاريع للتأهيل الحضري ومشاريع مهمة تشكل نواة حضرية من شأنها تدبير وتخطيط المجال الحضري لعدة مدن ومراكز حضرية في هذه المنطقة. الصحة والبيئة يشكل الفرق الشاسع بين التطهير والتزود بالماء الصالح للشرب في التجمعات السكنية، ومقذوفات المياه العادمة، والتدبير غير الصحي للنفايات الصلبة والسكن غير اللائق، مخاطر صحية تساهم في تفاقم بعض الامراض المعدية. وتتميز الخريطة الوبائية بتحول سجل بروز أمراض مزمنة مثل أمراض القلب والسرطان والضغط والسكري. وهذا التحول يجد تفسيره في تراجع أمد الحياة ولكن أيضا بسبب الضغوط الحديثة التي تتعرض لها البيئة (التلوث الكيماوي، تلوث الهواء...) وحسب معطيات 2006 فإن نسبة الوفيات بسبب البيئة تمثل %18 من ضبط الوفيات في المغرب. الفلاحة الإكراهات المرتبطة ببيئة الانتاج الفلاحي في المنطقة تتمثل في ضعف التساقطات المطرية من حيث التوقيت والمكان مع وجود ظواهر مطرية تسبب في بعض الاحيان فيضانات وتآكل الاراضي الفلاحية. النقص المزمن في الموارد المائية في حوض ملوية سبب تزايد وتيرة الطلب وتقليص الكميات المنظمة على مستوى المركب المائي لملوية، نقص الموارد المائية في بعض الاحواض، الاستغلال العشوائي للموارد المائية الجوفية، التفتت الكبير لمساحات الاراضي الفلاحية، هشاشة النظام الإيكولوجي على مستوى مناطق الرعي بسبب تدهور المجال الرعوي والتصحر وتحويل أراضي الرعي الى أراضي زراعية.
