كشف المجلس الأعلى للحسابات عن جملة من المشاكل والاختلالات التي تطبع عمل العديد من المؤسسات، في تقريره لسنة 2010. وأكد المجلس أن كلا من المركز الوطني للطاقة والعلوم والتقنيات النووية يعرفا خلطا بين مهام بعض الهياكل وتداخل المسؤوليات وعدم قيام بعض الهياكل بمهامها مع غياب التنسيق؛ مضيفا أن هناك غياب هيكل تنظيمي رسمي بالوكالة المستقلة لتوزيع الماء والكهرباء للعرائش وغرف الصناعة التقليدية لمراكش وآسفي وجامعة الحسن الثاني عين الشق ؛ فضلا عن وجود تنظيم لا يحترم القرار الذي أنشأ بموجبه، والتغيرات في المهام المحددة في إطار القرار بالصندوق الوطني للضمان الاجتماعي. وفيما يتعلق بالموارد البشرية، كشف المجلس ضعف إجراءات توظيف المستخدمين الأساسيين وعدم احترام القوانين المنظمة فيما يتعلق بالمستخدمين المتعاقدين بالمركز الوطني للطاقة والعلوم والتقنيات النووية؛ وتعدد القوانين الأساسية بالنسبة للمؤسسة الواحدة وغياب مرجع للوظائف والكفاءات ومخطط لتكوين المستخدمين بجامعة الحسن الثاني عين الشق؛ و لا يقوم نظام الأجور على دراسة تأخذ بعين الاعتبار معطيات سوق الشغل مع دمج الموظفين المتعاقدين في إطار القانون الأساسي الجديد دون ترخيص المجلس الإداري وزيادة مهمة في مبالغ العلاوات في غياب نظام ملائم للتقييم بمجلس القيم المنقولة؛ و زيادة مهمة في الرواتب تنتج فوارق مهمة في هيكلة الأجور بالنسبة للمؤسسة وباقي المؤسسات التي تقدم خدمة عمومية بصندوق الضمان الإجتماعي؛ بالإضافة إلى إعادة توظيف بعض المستخدمين بعد عملية المغادرة الطوعية وتوزيع العلاوات دون مراعاة عامل فعالية وأداء المؤسسة بمكتب التسويق والتصدير. ويرى العديد من المراقبين أن نجاعة الافتحاص لا يمكن أن تتم إلا عبر تفعيل المساءلة والمتابعة القانونية لا سيما إذا تعلق الأمر بالاختلالات المالية والصفقات المشبوهة، وعلى الرغم من أن المجلس الأعلى للحسابات يقوم بعمل كبير فيما يتعلق بالافتحاص والتدقيق في عمال المؤسسات إلا أنه سنويا تتكرر نفس الأخطاء ونفس المشاكل. وفي ظل تعدد الاختلالات فإن التنمية الاقتصادية والسوسيواقتصادية التي من المفروض أن تضطلع بها مؤسسات الدولة تتأخر وتعرف العديد من الصعوبات. وفي ظل هذه الوضعية، لا يعرف الرأي العام من يتحمل مسؤولية المحاسبة، هل وزارة العدل أم المجلس الأعلى للحسابات.
