بمبادرة من الملك الراحل الحسن الثاني، بصفته رئيسا للجنة القدس فى مدينة إفران سنة 1995 جرى تقديم فكرة إنشاء وكالة بيت مال المقدس إلى مؤتمر وزراء الخارجية الثالث والعشرون المنعقد في كوناكري بجمهورية غينيا، وتقرر إنشاء وكالة بيت مال القدس وتمت الموافقة على نظامها الأساسي وأضفت عليها صفتها القانونية النهائية عندما عينت أول مدير لها وأذنت بانطلاق نشاطها رسميا يوم 30 يوليو 1998، وعيّن للإشراف على إدارتها الراحل عبد الكبير العلوي المدغري الذي كان وزير للأوقاف الذي بقي في منصبه مديرا عاما للوكالة إلى أن فارق الحياة سنة 2017. وقد عقدت الوكالة أول اجتماع لها في 14 فبراير 2000 تحت الرعاية الملكية وبحضور الأمين العام لمنظمة المؤتمر الإسلامي ، وسطرت لها أهداف على رأسها إنقاذ مدينة القدس الشريف و تقديم العون للسكان الفلسطينيين والمؤسسات الفلسطينية في المدينة المقدسة والحفاظ على المسجد الأقصى المبارك والأماكن المقدسة الأخرى في المدينة وتراثها الحضاري والديني والثقافي والعمراني وترميمها . وتسير الوكالة ثلاثة أجهزة ، وهي: المجلس الإداري ، الذي يتكون من وزراء مالية الدول الأعضاء في لجنة القدس، ثم لجنة الوصاية التي تتكون من خمسة وزراء من وزراء خارجية الدول الأعضاء في لجنة القدس، إثنان منهم دائما العضوية هما وزيرا خارجية المملكة المغربية ودولة فلسطين، ثم على رأس جهاز الإدارة العامة والذي يتمثل في المدير العام لوكالة بيت المقدس. لهذه الوكالة، حسب الموقع الرسمي لمنظمة التعاون الإسلامي، موارد مالية تتوصل بها من المساهمات الإلزامية للدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي بنسب تحددها الدول لدعم ميزانية وكالة بيت مال ألقدس الشريف ومشاريعها، والهبات والتبرعات المقدمة من الهيئات العامة والخاصة، ومن الجمعيات الخيرية والجماعات والجاليات العربية والإسلامية والصديقة وكذلك من الشركات والأفراد، الإيرادات والعوائد الناتجة عن أصول الوكالة وممتلكاتها ومشاريعها ومساهماتها ومنتجاتها. لكن تقريرا نشرته وكالة بيت مال القدس يفصل في حصيلة عملها منذ إحداثها ويغطي أنشطة الفترة ما بين سنتي 1998 و2018، نبه إلى ضعف التمويل وخلص إلى أن الأهداف المسطرة لن تتحقق إلا بتظافر الجهود لتعبئة التمويل اللازم للمشاريع المبرمجة والتزام الدول الأعضاء في منظمة التعاون الإسلامي بتنفيذ التزامها بدعم مشاريع الوكالة وتأمين التمويل اللازم لها. وفي تقريرها تقول إنه رغم ضعف التمويل تمكنت من تحقيق مشاريع هامة صرفت عليها أكثر 50 مليون دولار ما يقارب النصف كان موجها لميدان الثقافة والشباب والرياضة والقضايا الاجتماعية، والبقية توزعت على الصحة، الإسكان، الترميم والتعليم. ونعتبر المملكة المغربية أكبر مساهم في تمويل أنشطة الوكالة إذ يغطي أكثر من 80 في المئة من احتياجاتها المالية، ويبدو أن الملك محمد السادس من خلال ما تضمنته الرسالة الموجهة إلى الرئيس الفلسطيني محمود عباس ينوي إحداث تغيير جذري في لجنة القدس وعمل الوكالة.
