قال الرجل الثاني في تنظيم القاعدة، أيمن الظواهري، إن نظام الرئيس السوداني، عمر البشير، الذي أصدرت المحكمة الجنائية الدولية مذكرة توقيف بحقه على خلفية اتهامه بتنفيذ جرائم في إقليم دارفور، يدفع اليوم ثمن الأخطاء التي سبق له ارتكابها، والتي اعتبر أنها تتمثل ب"طرد المجاهدين" وفي مقدمتهم زعيم القاعدة، أسامة بن لادن. ودعا الظواهري السودانيين إلى الاستعداد للقتال، على غرار ما فعل أهل العراق والصومال ضد ما أسماه "الحملة الصليبية المعاصرة،" معتبراً أن نظام الخرطوم "أضعف من أن يدافع عنهم،" وطالب أهل إقليم دارفور بعدم السماح باستخدام معاناتهم "ذريعة لاحتلال ديار الإسلام." وقال الظواهري، في رسالته الصوتية التي حملت عنوان " الحملة الصليبية تتربص بالسودان" إن قرار المحكمة بحق البشير "حدث ذو دلالات خطيرة، لا بد من النظر فيه، والتبصر في دوافعه وآثاره." وأضاف أن مواقفه "ليست للدفاع عن البشير ولا عن نظامه، ولا عما فعله في درافور،" معتبراً أن الأمر لا يقتصر على قضية الإقليم، بل هو "تذرع بحجج لمزيد من التدخل الأجنبي في بلاد المسلمين في إطار الحملة الصليبية الصهيونية المعاصرة." وسأل الظواهري: "لماذا لا يحاكمون بوش وبلير وأولمرت وباراك ومشرف وبوتين؟ بل لماذا لم يحاكموا ترومان الذي أمر بقصف هيروشيما ونجازاكي بأول قنبلتين ذريتين في التاريخ؟ ولماذا لم تتحرك الأممالمتحدة لحماية الفلسطينيين في غزة من الوحشية والإجرام الإسرائيليين." وأضاف أن نظام البشير "يجني ما غرسته يداه، بعد سنوات من التنازل والتراجع أمام الضغوط الصليبية الأمريكية،" متهماً إياه ب"طرد المجاهدين اللاجئين للسودان وعلى رأسهم الشيخ أسامة بن لادن حفظه الله، بعد أن كان قد استضافهم، ثم ألقى بهم وبأسرهم ونسائهم وأطفالهم للمجهول،" في إشارة إلى مغادرة بن لادن للسودان نهاية العقد التاسع من القرن الماضي بضغط دولي. وتوجه الظواهري إلى الشعب السوداني بالقول: "أنتم مستهدفون لكي يتم القضاء على الإسلام في السودان.. ولكي يتم (ذلك) لا بد من البحث عن مبرر للتدخل الغربي العسكري،" داعياً السودانيين إلى القيام بما قام به أهل العراق والصومال بدعوى أن النظام "أعجز من أن يدافع." وتوجه للسودانيين بالقول: "أعدوا العدة تدريباً وتجهيزاً وتخزيناً وتنظيماً لحرب عصاباتٍ طويلةٍ، فإن الحملة الصليبية المعاصرة قد كشرت عن أنيابها لكم،" مضيفاً أن "كل المجاهدين" سيكونون معهم في المعركة. وتوجه الظواهري، في التسجيل الذي عرضته مواقع درجت على نقل بيانات التنظيمات المتشددة، ولم تتمكن CNN من تأكيد صحته، لأهل دارفور، طالباً منهم عدم السماح بتحويل معاناتهم إلى "ذريعةً لاحتلال ديار الإسلام." وختم بأن النظام السوداني "لديه اليوم فرصة للتوبة والعودة للصراط المستقيم والاتعاظ بما مر، وأن يدرك أن الحملة الصليبية لن ترضى منه بأقل من الخضوع التام والاستسلام الكامل،" وسأل: "هل يسلك نظام البشير سبيل الإسلام والجهاد؟ ويكف عن المناورات السياسية والحيل الدبلوماسية والمداهنات الدولية؟" وكان الظواهري قد ظهر في رسالة صوتية في 23 فبراير/شباط الماضي، خصصها للحديث عن ما قال إنها "أحداث متسارعة على عدد من ديار الإسلام،" شن فيها هجوماً على الرئيس الصومالي الجديد، شيخ شريف شيخ أحمد. كما تناول الظواهري عودة نشاط تنظيم القاعدة بالجزيرة العربية واليمن، مظهراً دعمه لهذا التطور، ومطالباً القبائل اليمنية بمساندة عناصره، إلى جانب تطرقه للملف الفلسطيني عبر التلويح باستهداف مصالح غربية وإسرائيلية حول العالم، وانتقاد منظمة التحرير ودعوة بعض الفصائل إلى إصلاحها والدخول فيها.
